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江户时代是忍者这一名称正式确立的时期，同时也是日本在德川家族统治下和平时期的开始，这导致忍者失去了活动的舞台，作用越来越小，终至于淡出人们的视野。许多忍术也因而失传。关于忍者活动的最后记载，是1637年的“岛原之乱”，忍者作为幕府的部下参与了这场战斗。
忍者的工作，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。忍者在世时必须隐姓埋名，与黑暗为伍，也不能留下只言片语，以免日后东窗事发。因此，关于忍者的历史记录寥寥无几，目前只发现忍术秘本中记录了圣德太子身边的一位忍者，忍者的起源也成为一个历史难题。
目前，日本各地虽有无以计数的忍术流派，但追根究底，忍术的源头都要上溯到伊贺（三重县西北部）、甲贺（滋贺县南部）两地。两者祖出同缘，多有亲戚关系。但若彼此的雇主（主君）处于敌对关系，他们便不得不同室操戈，甚至兄弟阋墙。
另一方面，为了使忍术世代相传，他们之间也不得不频繁通婚，因此两者可以说是唇亡齿寒的关系。这也不难理解，生长在该地的男女男女，为了守住家族的秘密，是不可能同异乡人结婚生子的。而且男忍者的妻子通常也是忍者。她们自幼便对忍者耳濡目染，忍者身上发生的一切她们已习以为常。试想丈夫哪天突然不辞而别，普通女人是难以忍受的。
忍者世界中，有四项基本戒律：不准滥用忍术（只能用在公事上）、舍弃一切自尊（逃命要紧）、必须守口如瓶（即便为此失去性命）、绝对不能泄露身份（这条最为根本）。忍者在以下三个时代最为活跃：十一世纪末至十二世纪末的源平时代、十三世纪的南北朝时代、十四世纪中旬至十五世纪末的战国时代。其中战国时代也可以说是忍者“百花齐放，百家争鸣”的时代。
[编辑本段]忍者级别
15世纪到16世纪末的战国时代，而战国时代也可以说是忍者“百花齐放，百家争鸣”的时代。忍者又分为上忍、中忍、下忍。『上忍』，又称『智囊忍』，专门策划整体的作战步骤。『中忍』，是实际作战的指挥头子，当然，忍术也得超然出众才行。『下忍』，又称『体忍』，相当于现在的特战部队，是在最前线作战的实际忍者。三者之间有等级关系的泾渭分明，“下忍”对『中忍』唯命是从，『中忍』对『上忍』俯首帖耳。
[编辑本段]忍者装备
【装束】
忍者通常在新月或阴天夜晚潜入敌方城楼与宅邸，如果全身黑色装束，轮廓反而会更显突出，因此，基本装束颜色是深蓝。碰到月明星稀的夜晚，便换成灰色或是茶色装束。?
至于内裤，当然是日本传统的兜裆布（一条细长白布）。只是，忍者的束法同一般人不同，长度也比较长。他们将兜裆布从脖子缠到胯下，最后绑在腰际。如此，可以随时从脖子后抽出兜裆布，当做绷带或绳子应急。上衣里头有许多口袋，放一些不能淋湿的火药、缝衣针、救急药（包括安眠药、毒药）等；腰带里头则放一些日用杂物。手套与绑腿，通常藏着一些暗器。
【武器】
为了蒙混国境关卡守关人员的审问，忍者在旅途中，通常是农夫打扮。因此，所谓的忍者暗器，往往是改造自农具、日常必需用品、园丁道具等。这些武器，大多是自己发明铸造，只有自己深知其用法，因而在旁人眼里看来，跟一般日用品没什么分别。这也是忍者武器失传的主要原因之一。