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日本战国时代，各地诸侯纷纷称霸，妄图统一日本，取代天皇。武田信玄打赢多场重大战役，武田家一度强大无比，当然也结下无数仇敌。武田信玄之弟武田信廉无意中发现了一个盗贼相貌与其兄酷似，于是将其留在了身边，作为替身使用——日本的传统称之为“影子武士”。这也是利比亚的卡扎菲一直不死的原因。接下来武田信玄与织田信长-德川家康联军作战，传说他不幸阵亡，实际是酒色过度，因病而死。但是他的儿子不成大器，于是武田信廉决定让“影子武士”上战场，他从旁进行辅助和支持，争取时间，让武田信玄的儿子取得统治经验，变得成熟以后再把政权交给他。“影子武士”从贼性未改到被武田信廉的大义之举所感动，尽心尽力。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
[编辑本段]忍术的流派和教科书
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：
武藏，甲斐，越后，信浓，等四州
伊贺，甲贺，纪伊，等叁州
其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的重要：因为它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代在伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了六十多家土豪（每家的最大兵力不超过50个人，按中国的算法他们充其量就是小股的土匪武装而已）。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想像的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选·左思·吴都赋》中的"百川派别，归海而汇"思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
[编辑本段]忍术的理论由来
忍者的出身多半来自农民，而不是出身高贵的武士。忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、吉野、鞍马、根来、伊贺的山地战经验。京都则是忍术中使用的法术(阴阳道)发祥地、因为不远处有比高野等佛教密宗的本山。忍术的武芸面来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。