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始祖鸟是一个很重要的镶嵌化石，但是究竟它能否代表爬虫与飞鸟的中间动物，抑或不过是一种古代的异态动物，如现代有鸭嘴的哺乳动物鸭嘴兽（Platypus），具有另一纲动物的特征，却并非达尔文主义所言的中间动物。知道最近，始祖鸟在古生物学家眼中是进化行列的死胡同，而非现代鸟的祖先，因为在始祖鸟稍迟一点的飞鸟化石，乃是一种如海鸥一样的飞行潜水鸟，不大可能是始祖鸟的直接后裔。【注一：古生物学家查特基宣称在美国得克萨斯州找到一种古鸟的化石，年龄约为2.25亿年，被他称之为原始鸟（Protoavis）。任何早于1.45亿年的鸟化石都将推翻始祖鸟为现代鸟类的祖先。不过，查特基的报告仍有争辩，未能定论。】
最近在西班牙和中国1.25至1.35亿年前的石层中出土的鸟化石有一些爬虫的特征，可与始祖鸟扯上一点关系，但是这些化石都是残缺的，不能容许确定的结论。彼得·韦伦霍弗尔在1990年出版的一篇综论中认为，我们不能确定究竟始祖鸟是否是现代鸟的祖先。具有飞鸟进化研究权威盛誉的韦伦霍弗尔作以下的结论："始祖鸟与现代鸟有无关系并不重要"，因为始祖鸟"给我们有关飞鸟进化的证据"，而且"它们是进化论不可少的大力支持者"。
所以始祖鸟可能代表一个飞鸟的祖先，但我们却没有完全的确证，正如在哺乳动物的进化中的异态，我们需要解释各种不同的鸟类如企鹅和鸵鸟等，如何从一个始祖鸟经过中间环节演变而来，这些化石的缺乏，科学家常用鸟类的生活方式不容许化石形成的理由来解释。
始祖鸟是达尔文主义者的一个证据，但是这个证据究竟有什么分量？一个达尔文主义的信徒会认为它是一个重要的里程碑，但是一个怀疑进化论的学者却只能看到大部分不符合进化论的化石中的一个例外而已。要是我们用化石证据来衡量进化论，而不是要在化石中寻找一两个与进化论协调的样本，那么唯一的转变期的化石实在不能挽救一套提倡全球性的生物进化程序的理论。
无论我们对始祖鸟作出什么结论，飞鸟的来源仍是一个谜：飞翔的本能，包括复杂的羽毛，和如飞鸟的肺脏一般特殊化的构造是怎样进化而来的？就算爬虫经过始祖鸟的阶段而进化成为鸟，我们也不晓得它们如何从爬虫的构造演变成为飞鸟的构造。
从猿猴至人
上一章提到1981年一篇《进化乃事实或理论》的文章中，古尔德引用"在古代石层中发现六七块人猿化石"，证明人是从猿猴进化而来。当他在1987年改写这篇文章时，他已将这些人猿的种类减至五种，其中包括了现代人，但是他的论据仍然一样：
是否神因为要试验我们的信心，或是按照它高深莫测的旨意，创造了五种古代人类：南方粗猿（Australopithecus
afarensis），南方小猿（Australopithecus africanus），南方巧猿（Homo habilis），直立人（Homo
Erectus），和现代人（Homo Sapiens），要仿效进化的过程？
【注二：古尔德所指的四种人猿中，有两种南方猿（Australopithecines）就是南方粗猿和南方小猿。它们属猿类，不属人类，因为脑较小似猿，但据猜想可能直立行走。只有脑容量够大的才能算为人类（Homo）。路易·利基找到的南方巧猿却属于人与猿之间的边界类。巧猿被认为有人类的地位，主要是因为在这些化石的附近找到一些原始的工具，有人认为巧猿曾使用过这些工具。读者以前在学校如果学过这个课题，可能感到诧异，原来尼安得塔人（Neanderthal
man）如今被认为是人类的一个亚种，而克罗马农人（Cro-Magnon
man）已被看作现代人了。还有很多常见的名称如果不是从万神庙中撤消了，就是被归纳合并入以上的四种之中了。类人类（Hominid）的化石是争辩最激烈的课题，以前非常混乱。后来经无所不在的恩斯特·迈尔介入，订下上述的新规条。】
他提出这个问题，听起来好像人猿化石的证据很多，达尔文不能不提出他的进化论来解释这些现象，事实上，达尔文主义者乃是以先入为主的立场，要在化石中寻找进化论所需要的转变期的化石（或遗失之环）。古尔德的问题，不应该是神要考验我们是否相信《创世记》，而是进化论学者的大前提如何影响他们对有关进化论的证据的衡量。
人类学研究人类的起源，这门学问在一切有分量的科学中最容易受到学者个人主观立场的影响。从达尔文时代开始，"人类的来源"已深印在现代人的思维中，谁能找到证实人类来源的化石，就会带来普世知名的声誉，在这种沽名钓誉的压力下产生了一个轰动世界的赝品--贝尔当人（Piltdown
Man），由英国博物馆热切地保护了40年，不被外界学者批判，垄断舆论。
博物馆根据少量化石证据来塑造的人类祖先，对舆论界有深远的影响，这些化石本身对人类学家也有同样的效果。他们对人类化石的欣赏，就正如中古时代（或现代的民间信仰）对圣物的崇拜。在1984年的一个"始祖"展览中，罗杰尔·卢因形容美国自然历史博物馆所展列史无前例的一切人类祖先的化石真品，像朝圣一样隆重。
那些"脆弱的无价之宝"被博物馆主持人送上飞机的头等舱，以"贵胄"式的列车和警队护送到博物馆，在馆内这些化石陈列在枪弹不入的展览柜，先由少数的知名人类学家预览，他们以低沉的声音交谈，好像"在庄重的教堂中谈论神学"一样，一位社会学家以旁观者的立场感叹地形容这些人类学者正在进行"祭祖"的崇拜仪式。