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对一个达尔文主义者来说，上述立场不单是支持进化论的证据。它就是进化论，因为达尔文主义者相信，一切生物之间的关系都是进化的关系。根据这种假设，他们需要引申其他理论，包括自然选择作用的创造能力，使简单的生物祖先进化成为复杂的后裔。基于这种逻辑系统，达尔文主义者认为，凡是不相信在缓慢的自然作用下，从无核细胞进化到人类的科学理论的人，都是科学精神的叛徒。
要是分子的变异是唯一需要达尔文主义解释的问题，那么中性突变的理论仍可用来描述分子之间的关系。但是最难的是这些分子需要在分子体内运作，这些生物也要像分子进化一样从祖先进化而来。这些进化的共同祖先核过渡的中间生物，至今仍不过是存在于假想的领域中，经过成年累月的寻索，在化石中仍然没有找到。
更为重要的是科学仍不能以自然的机制来解释达尔文理论的重要假设--生物由简单进化为较复杂的形态和功用。一套只能解释生物变异，而不能增加生物重要功能的理论，不足以解开生物进化之谜--生物巨分子之来由，和一个单细胞如何演变成为复杂的动物或植物。其实分子生物学的发现，更增添了生物构造的奥秘：分子本身也属于一套需要各部分互相协调方能运转的复杂机器的一部分。譬如红血素本身有那么复杂的构造和功用，使人有时用"分子肺脏"来形容它。在每一层面的复杂性增加之后，使用突变和自然选择来解释生物构造的进化的尝试更显得困难。
因此，分子生物的证据并没有支持所有生物祖先相同的假设，也没有证实达尔文理论的准确性。其实还没有人以分子生物的证据来检验达尔文主义。正如对其他的证据的处理方法一样，达尔文主义者顺着他们先入为主的大前提，只企图在一切研讨之前，寻找支持他们理论的证据，而真正的科学问题--如果没有达尔文主义的大前提，分子生物证据是否能够证实达尔文的理论--却从未受人注意。
在本章中我们论及生物体内最基本的巨分子：蛋白质和核酸的异同。还未解决的问题是：究竟这些复杂的构造从何而来？下文我们要讨论一下生命的来源问题。
第八章 前生物进化第八章 前 生 物 进 化
当联邦最高法院取消了路易斯安那州给予科学创造论平等待遇的法案时，大法官安东尼·斯凯利亚不同意法院多数法官的决定。他认为"路易斯安那州的居民，包括基督教的原教旨主义者，应该有权在他们学校提出任何对进化论不利的科学证据"。古尔德对这话觉得诧异，为什么一位像斯凯利亚这样的饱学之士（该法官曾在数所有名的大学任过教职），居然会有原教旨主义者掌握对进化论不利的科学证据这样的荒谬想法。于是古尔德就在斯凯利亚法官撰写的意见中寻找解释，结果他觉得答案是因为这位法官认为进化论是关乎生命来源的一套理论。
古尔德后来写了一篇文章要更正"斯凯利亚法官的误解"，试图澄清此事。他说："进化论不是研究生命最终极的来源，不是得知生命最深奥意义的途径。"探讨生命最初是怎样在地球上出现的，这是其他科学的任务，因为进化论只研究生命产生之后的变化。这位法官不明白进化论在研究对象方面的严格限定，所以才会产生误解，以为对进化论可能有任何合乎理性的异议。
其实，斯凯利亚法官用"进化"一词，是与科学家的用法一致的--不但包括生物进化，也包括"前生物进化"或"化学进化"，这个理论是要试图解释生命如何从无生命的化学元素进化而来。生物进化只是宏大的自然演进过程的一部分，后者要解释从宇宙大爆炸以来的一切东西的来源，然而却不容许造物主在其中扮演任何角色。如果达尔文主义者要把造物主拒于千里之外，他们必须对生命来源有自然主义的解释。
对"前生物进化"的臆测，在《物种起源》问世不久，就开始由达尔文的德国支持者恩斯特·海克尔首先开河。但达尔文自己也于1871年在这方面作了一些贡献。他在一封信上说：
常有人说目前地球上早就具备了当初产生头一个生物的条件。假如（啊！多么不肯定的假如！）我们能想象在某一个温暖的小湖中，具有各式各样的氨、磷酸盐类、光线、热能、电能等等，一种蛋白质化合物得以形成，并经历种种复杂的变化。这种物质如在今天产生的话，它会立刻被破坏或被吸收。然而，在当时生物还没有出现之前却不会这样。
罗伯特·夏皮罗在1986年著的书中注意到达尔文上面这段似乎不经意的说法，"竟然与今天的知识相当符合，如果不是因为他有远见，就是说明多年来生命来源的研究没有什么进步"。25年前，"前生物进化"的研究似乎骤然就要看到一项惊人的成就，但今天这学问恐怕不比达尔文在世时进步多少。
要解释当初生命如何开始，最基本的难题是生物的结构太复杂了。仅从理论上说，除非生物已经存在，而且能够繁殖，不然达尔文式的选择毫无设计的功能。达尔文的信徒可想象一个变异了的啮齿动物（rodent）会在脚趾之间产生了网状组织，因而在适者生存的原则上取得优势，这特征在一群动物中遗传下去。加上继续的变异后，也许最后产生了会飞翔的有翼动物。然而这想法要全靠这啮齿动物必须繁殖后代，来继承变异后的特征。但是化学元素却不会产生后代，因此必须要有化学作用来让"繁殖"与"选择"发挥其功能。