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当然，有些以宗教为名，且有宗教情操的信仰仍然存在，但是因为显然与进化论冲突，所以虽然有感情的吸引力，在理智上站不住脚。无论如何，我认为进化与真宗教彼此相容是显而易见的，不必再加讨论。
以科学的信条将宗教划分为真宗教与伪宗教当然不算"反宗教"。但却与科学院的宣言认为宗教与科学是互不相关、分立的两个人类思想领域的看法直接相冲突。
科学自然主义者不认为这是一个矛盾，因为他们从不将科学与宗教的领域放在同等严肃与重要的地位。就他们而言，科学是客观的知识；宗教只是主观的信仰。若有选择的话，理智的人接受客观的知识，而轻视主观的信仰，所以认为二者无需冲突。理性不能了解的宗教信仰（例如：一位造物主突然设法将自己的旨意向世人启示）只是幻想而已。自然主义的宗教，以科学作为事实的形象，这是控制非理性力量作有理性用途的一种方法。它可用作招募支持科学计划的工作，例如发展环境保护与医药研究等项目。
美国科学家联盟（简称联盟）招致达尔文主义者的愤怒，指责他们将科学与错误的宗教混在一起。联盟的成员是科学教师和福音派的基督徒，忠于基督又忠于科学对自然世界之研究。一些原教旨派的创造论科学家在多年前脱离联盟，不满他们不但接受地球极古之地质证据，而且接受生物进化的理论。
联盟的领导已大体接受"和谐共存说"（compatibilism，即认为科学与宗教各有不同的领域，所以互可相容）和"神导进化论"（theistic
evolution）。神导进化论难下定义，但包括主张神统治自然世界，而在科学上则避免与达尔文派势力争论。但因达尔文主义者越来越鲜明地表明他们的立场及其主义在宗教及哲学上的涵义，使联盟的有神论受到前所未有的压力。
无论如何，和谐共存说有其限度。国家科学院1984年的小册中强烈的自然主义偏见，给大众一个印象，认为进化论的各项问题都已解决，对此联盟的领导不得不采取行动。在基金会的支持下，出版了48页有图解的小册子《在争论气氛下讲授科学：美国科学家联盟之见解》寄给数以千计的中学教师。这本小册子的主要目的是鼓舞教师以开明态度教学，尤其对一些尚未解决的问题保持中立，例如生命是否真的偶然出现，寒武纪大爆炸时第一批动物是怎样进化出来，人的理智与直立姿态如何进化而来等等。
【注一：以下几段是《讲授科学》一书的内容概要：
现在科学家对进化论的各方面都在探究。这些科学家有信神的也有不信神的，程度上各有不同。但不管这些探究的结果如何，大多数的科学家同意"科学创造论"基于地球仅数千年之久的年龄，实不足成为另一可选择的理论基础。
很明显，讲授或不讲授进化论，都难免有许多争论。这些争论有科学、宗教、教育、政治以及法律上的后果。争论双方的教条主义者，如果以各自的立场为唯一站得住的立场，便使双方都无光彩了。
许多有思想的人，虽然相信地球有数十亿年之久，也承认生物经过久远的地质时代已有很大的变化，但仍然可以笃信圣经，视上帝为造物主。有些（不是全部）因宗教而信仰创造的人，也能拟想"广进化"（Macro-evolution）可能是神原初创造物种的方法。
换言之，在进化与创造之间有广阔的中间地带，双方不必视如仇敌。】
撰写这本小册子的人，都天真地期望它能得到多数科学家的欢迎，改正进化论者的过分自信的态度，当他们极力说服大众不要再有任何怀疑的时候。一些官方的科学组织与创造论者处于战争状态，其政策是要求创造论者无条件投降。那些自命为科学家但又试图说服学校教师，说什么关于自然主义世界尚有些"未解决的问题"的人，将被认为是这场战争中的内奸。
报复迅速来到。加州一位专与创造论纠缠的"科学咨询者"威廉·贝涅塔，组织一群科学界知名人士加罪于联盟的小册子，指责它"企图以伪科学的系统代替真科学，去证明圣经的叙述"。《科学教师》（The
Science
Teacher）杂志发表了一些贝涅塔所编写的文章，标题是《科学界谴责重新精心包装的创造论》。九位知名的科学家，包括古尔德、菲秋马、埃尔德里奇及萨里奇等，对这小册子严加斥责。文中大意说联盟成员是狡诈的创造论分子，以科学客观态度为借口来掩饰圣经字字可信的信仰（Biblical
literalist）。
这些控告使小册子的作者颇感困扰，并且控告的偏颇失实使熟悉联盟的人很容易认为控告者乃蓄意歪曲。其实，也不能说狂热的科学自然主义者有意欺骗，因为他们没有认清信仰神的人中各派系微妙的差异。就狂热的自然主义者而言，承认信神的人或为无害的感情主义者，只是口头提到神，而基本上仍持有自然主义的世界观；或为创造论者。这两方面的人都是愚夫，但后者具有威胁性。
在狂热者的眼光里，美国科学家联盟的作者具有相信创造论的充分证据，除了暗示生物新种的出现可能有上帝介入之外，他们还有什么目的不停地说尚有"未解决的问题"呢？这样说便是创造论，况且联盟承认，自己是相信圣经权威的基督徒团体。他们反对科学的进化论，必定是因为它与圣经的叙述相冲突。此外别无理由。