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【注四：细胞色素C的图表曾使《体制》的作者非常难堪。因为发现其中排字上的错误，与创造论者所写的《谈人与熊猫》类似图表中的错误相同。面对证据，《体制》进化生物学部的负责人承认抄袭了创造论者的书，不过将所列的生物种次序倒置，其他部分一字不易照抄，而且没有核对其正确性。】
在《科学体制》的前言中，作者赞扬科学是一个"探求欢乐的无限旅程"，并强调激发学生进行科学探求的兴奋感的重要性。无论如何，这兴奋的感觉却不可涉及进化的基本问题。他们可鼓励学生考虑从事生物工程事业，但解决进化之奥秘是不能的事，因为达尔文主义者坚持它根本没有奥秘。那"有趣的观念问题"已经解决，现在只能谈细节了。
《科学体制》最可取之处，就是请教师及教科书的作者不要用一些言语来暗示科学理论要根据主观成分或信众的多寡而定。
不该对学生说，"许多科学家"这样想或那样想。科学并非由票数决定，而是由证据决定。也不该向学生说，"科学家相信"。科学不是信不信的问题，乃是有没有可受观察及客观理解的证据……让学生知道在科学领域中的任何问题中，极不能因某重要人士如此说（权威）或因历来都是如此说法（传统）而决定。
但是《科学体制》马上自相矛盾，将"进化"仅含糊地指为"通过时间的变化"。因为含糊的观念是不能由观察与客观理性试验的。《科学体制》劝我们相信这含糊的观念，是因为许多科学家这样说："进化是一个已被接受的科学解释，所以在科学家群体中，更甚于重力与电子流动的理论，不加争辩。"诉诸权威是无法避免的，因为达尔文主义的教育家们，不能公开揭示进化论乃至直截了当地基于《政策宣言》中所谓的哲学信条上。这信条是无法由科学方法试验与反驳的。
达尔文主义的科学家相信，这宇宙是纯由物质因果运作的封闭系统；又相信对生物界奇妙的、好似为某些目的而设计的现象，科学该提供自然主义的解释。若是没有这些假设，达尔文主义者无法推论出各大类的生物都有共同祖先，或推论随机的突变与自然选择，能代替一位有智慧的设计者。这两个基本的信条都是不能试验的，所以根据《政策宣言》都不能在科学课堂中讨论。
发起在公立学校向学生进行灌输运动，可能是达尔文主义者战术的严重失策。过去，在中学教科书中进化论的材料较少，只是说许多科学家都相信它。大学生物专业的学生或研究生院的学生才严肃讨论进化的科学证据。许多外行的人很少有机会知道，多少哲学以科学的名义讲解。即便知道内情，也无法作有效的反抗。
达尔文主义者因为自己要求公立学校"多讲授进化论"而改变了这得意的情况。他们真正的意思是，公立学校应该竭力说服学生相信达尔文主义，并不是要他们公正地指出使进化论难堪的证据。但在公立学校所作的是公众的事，即使创造论者也有权指出教科书或其他教材中的错误或含混躲闪之处。当局的压力可能一时有效，但坚决的反抗者终会说服大众，给他们对证据发言的机会。当圣经原教旨派以外的群众知道，达尔文主义者那样顽强地反抗一切对神的信仰，及达尔文主义极少科学证据，达尔文主义者会后悔脱离当初的掩护所了。
第十二章 科学与伪科学第十二章 科学与伪科学
卡尔·波普尔（Karl
Popper）对认识科学与伪科学的区别，提供了不可或缺的起点。廿世纪早期，年轻的波普尔住在维也纳城，那里的学术界由各种基于科学的意识形态所支配，如马克思斯主义，弗洛伊德（Freud）与阿德勒（Adler）等精神分析学派。这些意识形态普遍地被接受为自然科学的合法支派，并且因为似乎有很大的解释力而吸引了许多知识份子。波普尔观察到：
接受了马克思主义或精神分析学，会有类似理智的转变或得到启示的作用，令你看见那些门外汉所看不见的新真理。当你的眼目一旦开启，便可到处看见求证的实例，这世界充满了对理论的肯定。不管事情怎样发生都合乎其说。所以真理彰彰，不信的人显然是不愿看见明白的真理。拒绝的人或因与他的阶级利益冲突，或因“未经分析的抑制”而渴望寻求医治……。马克思的信徒翻开报纸在每页中都可找出他们对历史观点的证明。不但在新闻中、也在介绍新闻的方式--表示报馆的阶级偏见，当然更在报纸没有报道的事中。弗洛伊德精神分析学家强调，他们的理论经常为“临床观察”所证实。
波普尔发觉，显然可以解释每件事的理论，实际上没有解释任何事。若工资降低，那是资本家要剥削劳动者，正如马克思所预测的。若工资提高，那是资本家要以贿赂来挽救腐败的制度，这也是马克思主义所预料的。精神分析者可以解释人为什么要谋杀，又可同样灵巧地解释为什么有人要牺牲自己的性命，去救活别人。无论如何，波普尔认为真正有解释能力的理论，应该在许多可能发生的事之外作出冒险性的预测。当预测很有可能失败的时候，预测的成功才真正有份量。
当波普尔将马克思与弗洛伊德所用的方法，和爱因斯坦所用的治学方法相比，就得了很深的印象。爱因斯坦不顾一切地以他的普通相对论（General Theory