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遗传递变是达尔文的中心思想，后来被人称为“进化的事实”，从起初便受保护，没有经过实际的试验。达尔文曾让某些问题作为有待解决的题目。例如将自然选择视为生物改变的机制的重要性到底有多大。但最重要的中心思想，已成为教条乃是事实；而有关改变过程的争论延续到今日，已将注意力从这事实上转移了。
中心思想是极重要的，因为进化的“事实”与达尔文的学说并没有真正不同。当我们断定不同种类的生物，在遥远的过去里都有共同的祖先相联系时，我们便作出很多有关祖先怎样发展新器官、怎样披上新形状的暗示。在百、千万年时间里，祖先产生后嗣的生殖作用，都与我们目前所观察的相同。生物只能产生同种的生物，所以大改变只有聚积历代的小差异而来。这样逐步建造复杂的器官，必须有某些力量的指使，而这力量必只是自然选择。细节或可争论，但达尔文主义的基本要素，都在祖先遗传的观念中暗示出来了。
科学家这样不辨是非地接受共同祖先的观念，有什么动机呢？我们只能揣测。达尔文主义的胜利无疑使专业科学家的声望大增。自动进步的观念也与那时代的精神相符，甚至吸引了宗教领袖的大力拥护。无论如何，科学家尚未严谨考验进化论之前便已接受了它，进而利用一切权威说服大众。纯自然作用足以从细菌中产生人，从一堆化合物中产生细菌。进化论科学成为专找符合的证据，以解释排除反面证据的事业了。
当新达尔文合成论（Neo-Darwinian
synthesis）成功之时，它下降为伪科学便完全实现了；1959年在芝加哥庆祝《物种起源》出版百周年纪念中，它达到受崇拜的目的。这时达尔文主义不只是生物学中的理论，也是科学自然主义宗教中的要旨。它有自己伦理的目标，及用社会与遗传工程救世的计划。在芝加哥的大会上，朱里安·赫胥黎是最受尊敬的讲员。他毫无拘束地高奏凯旋：
将来的历史家或会将这百年纪念周，作为这大地历史上一段重要而有决定性时期的缩影。在这时期中，进化作用在好奇的人身上，开始自我知觉了。这是第一回在公开场合中坦白面对事实，即各方面的实质都在进化，从原子与星宿至鱼类花草，从鱼类花草至人类社会及价值观，的确，一切实质都是单一的进化作用……。
在进化的思想式样中，超自然没有地位也无必要。这大地不是被造而有的，而是进化而来的。一切动植物也是如此，包括我们自己--精神与灵魂及脑子与身体。宗教也是进化来的……。
最后，进化的眼光使我们可以看见（虽然不很明白）新宗教的面貌。它必兴起服事将来世代的需要。
这些见解当然远超任何实验科学所能证明的。为了支持这世界观，达尔文主义者不得不用波普尔所警告的，追求真理者应当避免不正当的策略。他们最重要的计谋，便是将“进化”作为含糊之词，欺诈运用。
“进化”一词在达尔文主义者的用法中，包涵一个自然主义形而上学的整个体系。在这体系里，无需创造主的参与，物质自己进化，组织到目前复杂的状态。但“进化”也指远较适度的观念，例如微进化或生物之间彼此相似。深色飞蛾在背景的树皮深色时，会在飞蛾群体中占优势，所以显示进化。同时将话语一转，便说人由细菌以纯自然遗传而来。若老练的批评家看穿群体中的变异与巨变无关时，则达尔文主义者便否认微进化的证据，而指出生物彼此相似为“进化的事实”。或者他们说在生物的分布中，外围岛屿的物种近似附近大陆上的物种。因为“进化”指许多不同意义的事，所以任何例子都可引为证明。其诡计仍是以证明最起码的意义，作为证明形而上学的整个系统。
自然选择名词的使用可以巧妙地使它或明或暗。当没有不友善的批评者在场时，达尔文主义者将自然选择作为创造的力量，解释任何的改变成不变。但当批评者要求实验求证时，达尔文主义者会说，科学家已发现另一机制，特别是在分子的层面；因之将自然选择贬为次要而避免考验。即使对理论有一些健康的辩论，进化的事实是不容置疑了。当批评者的目标被转移时，“盲目的造表者”又用后门回来了。达尔文主义者会解释说，没有一个生物学家怀疑达尔文自然选择的重要性，因为没有另一因素促成生物外形适应的特征。
当反面的证据无法否认时，达尔文主义者便临时设立新的理论来反抗。菲秋马的教科书告诉大学生说，“达尔文较任何人更能给一切生物……下结论，即变异性而非稳定性乃自然定律”。所以化石记录中遍在的稳定性被他及化石学家漠视了。除非将稳定性扮成“间断平衡”的证据，否则是不能公诸大众的。“间断平衡”初听好像是新理论，实际只是达尔文主义的微小修改而已。达尔文主义者也可将稳定性解释为稳定性淘汰，或发生过程之约束，或多样进化，因此，正如变异性一样，稳定性也变成达尔文主义所期望的了。
达尔文主义者有时会寻找正面证据，正如马克思主义者找到资本家剥削劳动者，或弗洛伊德分析要杀父亲而娶母亲的病人一般。达尔文主义者找到了更多微进化的例子，或生物自然相似的另些样本，或可能含有现代哺乳动物祖先的化石群。但是反对共同祖先理论的证据他们从来寻不到。因为就达尔文主义者而言，这些证据是不存在的。“进化的事实”是定义上的确实，所以反面的知识是无意义的，一般也是不可发表的。