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既然进化论的能力在于繁殖自己的后代，为什么有些动物当捕食它们的敌人出现时，会冒着自己的生命危险，发出信号警告同类、保护同伴呢？自然选择怎样可以促进这种自我牺牲的特征向无私舍己进化呢？有些达尔文学者将功劳归给"群体的选择"（group
selection）。人类国家之中若有个人愿意在战场上为国牺牲，则整个国家受益。同理，动物群体中若有自愿牺牲者，当然要比全部都是自私的群体有利。
有其他的进化论者耻笑群体选择论，推崇"家属选择"（kinship selection）为牺牲
精神（altrusium）的基础。既然牺牲自己可以保护下代或近亲，也就保证了个人的基因可以延续。自然选择可以在基因层面促进基因组合中有些个体产生牺牲行为，所以达尔文主义者可以避免自然选择论遇到的困难，将问题推到群体或基因的层面，解释一切。
达尔文主义者所拥有的武器中，最有解释威力的是"基因的多效性"（pleiotropy）
：一个基因有很多种不同的功能。也就是说，任何影响一种功能的基因改变很可能也带有其它的作用。那么，真正的利或害就要看总的效果了。表面上看来有害的特征，很可能与其它有利的特征联合在一起。那么，自然选择的功效在乎选择整个组合了。
我认为要解释一切异常的事物与达尔文主义表面上的冲突，需求助于多效性，或家族选择，或发生的约制这些学说。这样的做法在基本上没有什么错误，只要我们假设达尔文基本上是正确的，就很有理由调整学说，迁就所观察的事实。问题是调整太多了，要综合起来找一个方法，审察一下达尔文主义是否正确时，才发现已经不可能了。显然不适合的特征可以归咎于多效性。或者说，我们不知道有利的地方何在。当所有的理由部说不通时，就索性推罪于"机遇"（chance）了。达尔文自己说："如果能证明任何生物种内有任何的结构是为了其它种的利益而产生，我的学说就马上化为乌有，因为这些情况是不可能从自然选择而来。"但是达尔文又巧辩，坚持他从来没有说过自然选择是进化唯一的机制（mechanism）。
有一项附属的学说--性的选择（sexual
selection）——是表现达尔文主义手法高明的例子。他们居然可以将顽梗不利的证据转化为他们学说的支柱。性的选择在今天只算得是达尔文主义之中的一小部份。但达尔文当年认为它几乎与自然选择论一样重要。（达尔文第二本名著《人的来由》（The
Descent of
Man）的主要内容集中讨论性的选择。）孔雀艳丽的尾巴是性选择中最著名的例子。虽然它是雄孔雀逃避敌人时的累赘，但雌性喜爱它。所以，有庞大的尾巴会减短雄性孔雀的寿命，但同时又增加了生殖的机会。
这样的说法好像也有道理，甚至很有趣。但我感到不解的是达尔文主义者为何不以雌孔雀古怪的性趣味为怪。为什么自然选择会在所有低等的鸟类中，推出这样的一种，让雌性狂爱那些具有杀身之患的异性？这些雌鸟应该对异性尖锐的爪子和强壮的翅膀发生偏爱才对！或许对孔雀屏的爱好与其他极重要的特点，如坚硬的蛋壳有关连。那么为什么自然会选择如此古怪的遗传关连呢？但无论如何，菲秋马居然宣告：孔雀不是进化论者的问题，而是创造主义者应该应付的问题：
科学创造论者真的认为他们的创造主会造出这样一只没有六尺之庞大的尾巴就不能生育、而同时又容易被豹吃掉的鸟吗？
我不知道科学创造论者会怎样说，但我认为无论公、母孔雀都很可能是一位具备丰富想像力的神所爱好的。孔雀是"毫无情感、机械式的过程"如自然选择所不能容许的。
我们从菲秋马对孔雀的评论中可以看出，他的反问是辩论中常用的技巧之一；攻击是最好的防守。但同时，我们也看见，接受了某些哲学上的大前题，居然会使一位聪明的达尔文主义者面对着相反的例证时却视而不见。
朱里安·赫胥黎曾写下："我们可以预料自然选择所得到的必定是可能性极微的产品；我们面对一个充满矛盾的颠倒现象（paradox)，就是一个几乎不可能造成的产品，同时也可以用它来证明自然选择的功效是何等伟大。"如此建立起来的理论不必畏惧任何反证的力量。
自然选择是达尔文主义中最著名的要素，其实并不一定是最重要的一环。自然选择的真正功能只是保存或淘汰一些已有的东西。突变必须提供有利的创意，让自然选择促进引导。从此我要转到一个新的题目，所以需要开始新的一章了。
第三章 大小突变第三章 大小突变
"进化论"一词涵义极广，除了霎时创造论（Instantaneous
creation）之外，其它各家各说都可包容其中，难怪自古就有不少人思考进化这问题。达尔文最突出的贡献在于提供一个比较可能理解的机制（plausible
mechanism），藉此可以解释生物必须经过的变化，不必依靠神明的引导，或隐秘的生命力（vital
forces），或其它现时物质世界之中捉摸不到的力量。达尔文非常谨慎尽量避免"跳跃性"、突然大步跃进的"庞变"（saltations），例如一代之间即能产生新种的想法。庞变如今常称全身大突变（systemic
macromutations），对很多科学家来说，他们也有很充份的理由觉得这是不可能解释的现象，因为生物的整体是由极度复杂又互相关连的部分（parts）组成的。其中一个小部份已够复杂了。所有的部份靠机遇，可以同时同步突变成为有用的器官，是不可思议绝无可能的事。