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用达尔文的话来说，大突变等于一个神迹。再极端一点来说，大突变几乎与特创论（special
creation）没有什么分别。如果一只蛇蛋可以孵化出一只老鼠，我们可以称为即时进化，同样也可以称为特创论。即使一个复杂的器官如眼睛或翅膀突然出现的话，那就是神迹。达尔文断然拒绝这一类的进化论。他给查理·赖尔（Charles
Lyell）的信中说：
如果我的自然选择论必须借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之如粪土……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择论就不值分文了。
达尔文希望在生物学上创立一个广泛的理论，像赖尔在地质上的贡献一样：用自然及均变的（uniformitarian）原理解释最大的改变。就是说，用日常可见自然的渐变方法，和经过漫长的时期来解释生物现象。他知道他的学说最突出的地方就是比较科学化，他拒绝科学不能掌握的神秘主义，或超自然主义；坚持在哲学上彻底的唯物主义（materialism）。达尔文必须用无数微小的改变累积起来解释复杂或较大的改变，才能保持他唯物的立场。以下是他自己雄辩之词：
自然选择的工作必须靠极度微小并对生物有利的遗传改变，长期不断的累积而成；正如现代地质学几乎已经推翻了一次大洪水可以掏空整个大山谷的学说，自然选择论也可有相似的大贡献。如果这学说正确，我就可以否定神不断创造新生物种的信仰和生物界有突然大突变的意念。
托马斯·赫胥黎（Thomas H．
Huxley）从起初就反对教条式武断的（dogmatic）渐进主义。他在一封著名的信中警告达尔文说："你这样毫无保留地接受自然界绝无大跃进（natura non
facit
saltum）的观点，使你陷入不必要的困难之中。"其实要想达到他的目的，达尔文的确毫无必要冒这些危险，而且他真会有很大的困难。长远的历史显示，最大的问题是化石的记录。化石中没有足够的中间型（transitional
forms）作为达尔文学说的支住。达尔文的答辩很清楚，他说开始掘化石的人太少，所得的化石不多。这藉口在当年尚有相当的可信性，故进化论一时未有倒台之危。下一章我们再继续讨论化石的证据。
更重要的问题还是理论上的困难。不少器官必须有很多精密的基本组织彼此配合才可以发挥功能。眼睛及翅膀是最常引用的例子。但读者不要误以为这两个是特殊的例证，其实动物及人体中充满了同样神奇的例子。问题是到底"极度微小（infinitesimally
small）个别都对生物有利的遗传变异，怎样可以累积"成大突变呢？无论在发展视力或飞翔如此复杂的功能的过程中，第一小步的改变开始时，若非配合其它各部份同时部署妥当，不可能对生物有什么好处。举例来说，试想如果古代一位炼金术家碰巧制造了一块微电子板，但因缺乏其它电子工业的配合，就算是再神奇的发明也毫无用处，必被弃置了。
斯蒂芬·古尔德（Stephen Jay
Gould）曾自问"一个极好的问题：即使有了百分之五的眼睛，到底有什么好处？"他继续猜测，当眼睛的第一小部份开始出现时，它可能另有用途，与视力无关。道金斯（Richard
Dawkins）回应说：
一个古生物具有百分之五的服睛很可能要用这部份组织作其他用途，但我认为也很可能就用它来作百分之五的视力。其实我认为这个问题并不是一个好问题。如果在没有视力的动物身上得到了你我视力的一小部份，已经很有用了。因此，有百份之一的视力总比完全没有好。百份之六比五好，百份之七比六好，余此类推，不断可以渐渐上进了。
这种论调的基本误失在于"百份之五的眼睛"并不等于"百分之五的视力"。一只动物要有任何实用的视力，必须有很多重要的基本组织配合工作才能实现。即使有了一个完整的眼睛，如果没有适当的神经系统和智力去分析使用这视力的信息，对生存和繁殖都没有任何作用。我们试想一下，单凭机遇，所有的复杂组织都需要同时出现，并且马上发挥足够的功能，对生物繁殖下一代有利，这样的可能性到底有多少？
道金斯继绩复述达尔文对眼睛这个双关的谜（conundrum）的答案。他说在动物当中有可以算是一系列、不同设计的眼。事实上，单细胞动物中的确有些能感光的"眼点"，其中合有感光色素。在多细胞动物中，相似的眼点长在小杯状的组织中，还可以帮助增加方向感。古代的鹦鹉螺（nautilus）只有用小孔成像（pinhole）的眼，并没有晶体（lens）。而墨鱼（软
体 类）的眼中又加上了晶体，余此类推，似成系列。但可惜，这系列的眼睛并非不同复杂程度的眼进化的过程。因为事实上，这些眼代表不同的组织，而非一个组织渐渐复杂进化。
所以动物不同的眼如果真是进化来的话，它是经过不同途径进化而来。迈尔（Ernst
Mayr）的论文中说，眼睛在不同动物中必定分别出现了四十次之多，所以他认为："既然一个复杂的器官可以因为有利的缘故，重复地趋同地（convergently）出现，那么进化真是很有可能的事。"但是为什么这么多不同程度的眼不断地出现、而其中竟没有一个进化成更复杂的型态呢？道金斯承认他受鹦鹉螺眼睛千万年来毫无进化的迹象所迷惑，特别是因它已有了网膜，只等着一个晶体；而这个简单的改变，至今仍未发生。