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【注一：放下眼睛这个话题之前，我还要指出：达尔文主义者引用不完全的眼睛（imperfections）作为支持眼睛不是全能的创造者所设计的证据。根据道金斯说，感光细胞的线路"倒转过来了"（wired
backwards），就算头脑最简单的工程师也不会忽略这样大的事。】
翅膀在昆虫、鸟类及蝙幅身上以截然不同的形态出现，是另外一个常常提到的不解之谜。当那极微小遗传的改变开始逐渐累积的时候，有什么条件对繁殖有利呢？在道金斯的想像中认为可能，他说即使在手指之间出现了一小块的薄皮，也可以帮助动物跳得更远，或者保护它跌倒时不受伤。后来，当翅膀的雏型出现时，动物就可能开始滑翔了。再经过很多的进度渐渐累积之后，或者就可以开始飞翔了。可惜以上的假想故事中忽略了些严重的问题。当前肢渐渐改变趋向翅膀的时候，有一段漫长的时间，它不再利于爬树或掌握物件，使这假想的过渡期动物遭遇严重的不利。
登顿（Denton）所著《进化论：处于危机中的理论》（Evolution： A Theory in
Crisis）第九章有一段很精采的讨论，用鸟类翅膀来源的问题质疑进化论。登顿详细描写用以飞翔的羽毛构造精妙，毛与毛之间有连锁的小钩，与保暖的绒毛完全不同。
如果进化论是正确的话，羽毛必定是从爬虫的鳞片进化来的。谁能想像鳞片和羽毛之间的中间型是怎样的东西？鸟类的肺在结构上与任何假想的祖先更不相同，是进化论更大的问题。登顿却认为：
到底一个完全不同的呼吸系统，怎样逐渐从脊椎动物的常态，可以进化而来，是一个极难正视的问题。特别要记住，在整个进化过程中任何一段时列，呼吸的功能必须维持。只要稍有差错，几分钟之内必定死亡。就如羽毛没有小钩和小倒刺，并且同步进化到完全吻合之前，鸟不可能飞。同理，鸟肺不可能发挥它的功能。
渐进论描述的故事，是否真能进化出复杂的系统牵涉主观的判断。但是客观事实证明，以上的故事只是人的猜想。鸟类和蝙蝠的翅膀在化石中出现的时候，已经是发展完全的翅膀。从来没有任何人用实验证明，翅膀和眼睛可逐渐进化而来。所以既缺乏历史上的证据，又无实验证明，真可能像古尔德说的，"这些自然进化史中、'就是这样'就进化出来的故事，不能说明任何问题。"你疑问我们现在讨论的，是科学呢，还是吉普林【注：J.R.Kipling
1865-1963，英国小说家、诗人】所写的寓言故事呢？
达尔文说："如果有人能证明，任何现有的复杂器官，不可能是从无数连续的、微小的突变而来，我的学说就必完全瓦解了。"二十世纪中叶，美国著名的德裔科学家暨遗传学家、执教加州大学柏克莱分校的查理·戈尔德施米特（Richard
Goldschmidt）的确也下过同样的结论：进化论已完全瓦解了。戈尔德施米特向新达尔文主义者公开发出一个著名的挑战。他列出一连串的复杂结构，从哺乳动物的毛发到血红素（hemoglobin），他认为都不可能由小突变渐渐累积而来。正如格拉斯（Pierre
Grasse）一样，戈尔德施米特总结，达尔文的进化论所可能解释变异的范围不可以超出生物种之外。但跟格拉斯不一样的地方，他认为生物种以上的进化必定由大跃进式的大突变而来。虽然他承认，绝大多数大规模的变异会产生不能够适应、无希望的怪物。但他又认为在极罕有的情况之下，或许其中有一个幸运的意外机会，产生了一个"有希望的怪物"（hopeful
monster）。它成了新种的一员，可以生存并繁殖下去。（问题是它的配偶又何在？）
达尔文主义者向这异想天开的建议，施尽讥讽的能事。正如戈尔德施米特自己说，"他们现在不但认为我是疯子，还当我作严重的罪犯看待。"古尔德引用乔治·奥威尔（George
Orwell）的小说《1984》里面描写的，每天"用两分钟去'反人民的敌人--艾曼努埃尔·戈尔施泰因（Emmanuel
Goldstein）"的情形来比对达尔文主义者如何对付戈尔德施米特。充满毒恨的表现，说明达尔文主义者对他们拥抱的学说有深厚的情感。他们讥笑戈尔德施米特却有科学的理由。如果戈尔德施米特真的以为所有复杂、关连的组织可以从一个世代的全身大突变而来，他等于鼓吹神迹一样，毫无遗传学或实验的证据。突变公认是从复制脱氧核糖核酸里面遗传讯息时偶然的错误所引起。承认这样靠偶然机遇能产生一个像肝脏或肾脏那么复杂的器官，有如提议改良手表的方法可以将一只旧手表扔向石墙一样。达尔文主义者说，适应性的大突变是不可能的--更不能重复发生。因此，所有的复杂器官必定是经过漫长岁月、逐渐累积微小突变而来。
现在我们必须处理另一项极端重要的错谬（fallacy）。大突变不可能产生进化，并不证明小突变就一定能够，或者有机会能够解释进化。如果我们将所有必须考虑的条件综合起来，用统计学计算，达尔丈主义者所拥护进化论的可能性，大概与戈尔德施米特大跃进式的大突变一样不可能。新达尔文主义遗传学家建议的小突变，对生物的利益微乎其微；而且时常小到不能测度的地步。这个前题（premise）非常重要。正如道金斯说，“几乎所有实验室中研究的突变者已经相当大了，否则遗传学家不可能认辨出来，而这些突变对生物都有害。”但是，如果所需的突变是非常小，小到看不见，而又如果有很多（数百万次？）适合的突变不断地产生，那么经过长久的时间，当有需要时，就可以产生复杂的系统了。