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道金斯在《盲目的钟表匠》一书中指责戈尔德施米特，并且批评古尔德努力为他翻身。道金斯说，"戈尔德施米特的难题……其实根本不是一个问题"，因为用渐进方法完全可以解释复杂器官的来源。他如此夸口意思好像说，复杂适应系统，一步一步进化，只不过是理念上的可能性，并没有任何方法可以证明事实上真的发生了。他引用蝙蝠奇妙的声纳（sonar）一样的回声定位（echo
location）系统来比喻现代高科技社会的产品，可以用来作自然选择能够解释复杂系统的发展，否则反成为证明创造者（造 表
者）的证据。道金斯说得很对，如果达尔文进化论可以制造出一只蝙蝠，它当然也可以制造出任何其它生物了。可惜，他忽略了证明进化论的确有这样的创造能力。我们可以想像，蝙幅的声纳可能一步一步地进化来，而且拥有回声定位的能力会有很大的利益等等。但是我们何以知道，这故事是历史上的事实，或者是真有可能会发生的呢？
一般来说，道金斯严守达尔文主义的渐进论，但他也发现有时不得不附和比较温和的大突变论。就是说，"有些突变虽然有极大的影响力，但本身并不一定很复杂。"他用蛇为例，有些现代蛇脊椎骨的数目比它们假想的祖先更多。脊骨多少的改变必须是整数。并且"完成这项工程，不是随便加一块骨头即可"，因为每块脊骨都必须有一套特别的神经、血管和肌肉的配合。这一整套复杂的组职，必须同时一齐出现，才有任何生物上的意义。但"我们很容易相信，一条比父母多几块脊椎的蛇，很可能是经一次突变就造成了。"道金斯说："这样的事很容易引人置信。因为这种改变只增加了已有的结构，使成长的蛇看来好像有很大的大突变。但在胚胎里面，这些改变很可能只是微小的突变而已。"意思是说，当胚胎发育时的号令有轻微的改变，很可能就导致成长的个体上有很大的变化。
古尔德可以随意去假设，而道金斯也可以任意轻信他定意要相信的空言，但无论是假设或相信，都不足为科学的解释。事实上有无任何方法可以证实，控制胚胎发育的基因，经过突变就可以提供进化论所需要的一切支援呢？很多生物成长以后形态各异，但在胚胎时期却比较相似。所以在控制发育程序上有了一些简单、但又是基本的突变，可以导致胚胎转向发展，这样的想法好像有相当大的可能性。原则上这正是我们期待人类遗传工程将来能达到的地步。从这门学问近年的发展来看，不久将来真可能有这样的成就。
试想如果经过大规模的研究工作，科学家果能将鱼类胚胎的遗传程序改变，使鱼类发育为两栖动物，这样遗传工程上假想的凯旋，是否能证明古代两栖动物的确是从鱼类，或者说，可能是从鱼类用同样的方法进化来呢？
不，不可能。因为古尔德等人假设的大突变，指明是偶然、随机遇、无目的突变，不是用人类智慧（或神）精细计划达成的改变，如果在我这文字处理的软件中，胡乱作一个毫无计划的改变，很可能使我写的这篇文章变成毫无意义的胡言，但绝不可能将文章翻译成外文，也不能使这篇文章变成有条有理、描写其它东西的字句。鼓吹发育期大突变的人，必须证明胚胎发育程序不单可以受遗传改变，而且更要证明进化过程中主要的变化都是由无定向、胡乱的突变所造成。
如今凌驾进化科学最基要的大前题，好像是说：只要猜想进化怎样可以成功，不必实验证明就足够了。这些学者最基本的想法就如伟定顿、梅达沃，和迈尔等人受到数学家挑战时求助的原则一样；自然界必定提供了进化所需的一切条件，否则进化不会成为事实。换一句话说，如果进化需要大突变，那大突变一定可能；或者如果大突变是不可能发生的话，那进化论必定不需要它了。进化论本身就可以具备一切必须的证据。
如果达尔文主义者面对这一切的问题而感到有任何不安（其实大多数都不会不安），反对达尔文主义学者的处境也好不了多少。伟大的遗传学家戈尔德施米特也要降低标准去拥护遗传学上明知不可能的学说。伟大的动物学家格拉斯也提不出更好的学说，只能说："生物进化时不知怎样就获得了一套崭新的遗传信息，可能由于一些不明的'内在因素'（internal
factors），而这些现象在现有的生物中已不能观察（可能是根本不复存在了，或者因为我们看不见）"。格拉斯深知这种论调会"引起很多生物学家的猜疑……因为，它会召回当年生机论（vitalism）的鬼魂，或者其它引导生物命运的神秘力量……。”他多次否认他完全没有生机论这种想法。但疑心既起，即使变魔术也变不掉了。否认又有什么作用呢？
这些例证让我们明了为什么新达尔文主义面临这么多难题，甚至在即将败亡的风雨中，仍站正统地位。如果新达尔文渐进论（gradualism）一旦因不能解释大突变大跃进，和复杂器官的来源而被抛弃，大多数生物学家仍然会信仰进化（戈尔德施米特和格拉斯从来没有怀疑过进化论已成事实），但他们将失掉进化的"理论"。唯物主义的科学家蔑视创造论者，因为他们诉诸不可见的创造者，而且创造者超自然的力量是现今世代中观察不到的。如果进化科学也要依赖神秘的力量引导，或遗传学上不可能的转变，像达尔文这样在哲学上持唯物主义立场的人，必定认为是胡说八道。