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古尔德和埃尔德里奇始终以间断平衡是达尔文主义的理
论，而不是反达尔文的大突变过程。但从另一方面看来，虽然他们并未明显标榜大突变式的进化，但很多人却清楚感受该理论背后暗示的跃进。1977年，古尔德和埃尔德里奇发表的一篇文章前段引了赫胥黎的两段话，他们埋怨达尔文主义不容许一点点的"跨步"。同时，古尔德独自认可了较为软化的"大突变主义"，并且预测戈尔德施米特将来必能得到公正的评价。
细察之下，大突变主义最大的问题，在于它本身只不过是进化论和特创论之间毫无意义的中间路线。正如查理·道金斯说的，你可以把圣经说人是用泥土造成的看作是大突变。从化石的证据来看，大突变就是说新种不知如何从无变有。以科学理论来评价，"大突变式的进化"就是当年达尔文首先指称的：垃圾！古尔德和埃尔德里奇都很明白着一点，所以（特别是古尔德）虽然暗示有大突变，但他们仍然保留着后路，随时可以撤回达尔文正统的渐进论中。
由此便产生一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理想的思想构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确信所有的生物真是从唯一的简单生物开始呢？
第五章 进化乃事实第五章 进化乃事实
达尔文主义者认为进化论不只是一种学说，而是事实。因为只有进化论可以解释，为何所有不同生物之间，有一种贯联的关系，而这关系在达尔文主义者的心目中，已经与造成这现象的原因混淆。他们认为这现象的成因是从后代变异而来（descent
with modification），故此，他们以为生物之间的关系，就是进化的关系（由进化引起）。
生物分类学跟宗教、政治一样，那是充满争辩的题目。当然这门学问也有一些公认的规则。生物学家将动物分类归入界、门、纲、目、科等不同的范围。比较表面化的分类，可能将鲸鱼、企鹅、和鲨鱼都纳入水生动物类，而鸟类、蝙蝠和蜜蜂则属飞翔动物类。但是，鸟、蝙蝠、和蜜蜂身体的基本构造毕竟不同，生殖系统各异。甚至，翅膀除了同样会飞之外，也互不相同。因此，所有的分类学家都同意，蝙蝠和鲸鱼应该与马和猴子同归哺乳动物（虽然在结构、适应的机制方面也有相当差别）。而蜜蜂身体的基本结构与所有的脊椎动物都完全不同，理当归入另一大类的动物（昆虫）之中。
达尔文前后的生物学家都意识到，分类学不是随便将动物塞进一些人为的小组之中就算，而是希望发现生物之间真正的相互关系。达尔文之前，一些分类学家表明这种想法，说：鲸鱼表面上象鱼类，蝙蝠象鸟类。但本质上它们都是哺乳动物，也就是说，它们最重要的基本特性（essence）属于哺乳动物的“模式”（type）。同理，无论会飞的、会游泳和在地上跑的鸟，本质上部属于鸟类。这个原理无论在分类学的大小组群中部一样适用：圣伯纳狗（St.
Bernards）及北京狗在表面上看来差别很大，但本质上都是狗。小麻雀跟大象基本上都是脊椎动物。
本质主义（Essentialism）并没有尝试解释自然界关系的来源，只用柏拉图哲学（Platonic
Philosophy）的语言描述一些形式上的差异。本质论者其实已经有化石的知识，所以他们知道过去不同的时代，有不同的生物。但是进化这种概念对他们来说，根本毫无意义，因为必须有很多很多的中间型化石才能令人置信。也就是说，从一种“典型模式”标本到另一典型之间要有很多正在转变中的生物－－简直是不可能的事。所以本质主义者认为，不同类型的动物之间有相似的地方，不是因为有相同的祖先，而是因为它们有同一个蓝图叫作“原始型”（Archetype）。不过这些原始型只能在形而上的领域才能存在－－例如上帝的脑中。
达尔文为生物界本质的特征提供了一种纯自然性的解释。虽然有人对其学说中主要的部份还有相当的怀疑，达尔文主义在逻辑上惊人的吸引力征服了科学界。他推说：如今自然界各类不同的生物，都是由古代（早就灭种了）同一个祖先而来。比较接近的动物，如爬虫，鸟类，哺乳动物，共同祖先的年代较近；而所有脊椎动物共有祖先年代则较远。一切动物的共同祖先就更古远了。达尔文继续推论，在祖先与后代之间，必须有一大串处在转变期中的中间型，不过它们当然也不复存在了。达尔文自己说：
我们甚至可以如此（用灭种）来解释为何生物类与类之间的分野如此大－－例如，鸟类与其它脊椎动物之间差别之大－－只要相信古代生物全部消失了，连最初的鸟类与其它脊椎动物相连的祖先都完全消失了，就可以解释一切问题。
这个学说用“后代变异而来”的观点去了解自然界的关连，使哲学上持唯物主义者能够接受，并且解释为何不同的生物都属于一个自然的系统，而非人工的分类。在达尔文主义者的想象中，所有生物同属一大家族。同一祖先再加上自然选择论，就可以解释为何有些相同特征与分类学（Homologies同源现象）有关而另外似乎相同但与分类学无关（analogies同功器官）。前者是相同祖先遗留下来的残余器官;后者却是因自然选择使不同生物进化中得到表面上相似的结构。这些结构在适应环境上有利，可用于游泳或飞翔等功能。达尔文的历史名言：