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所有……在分类上的困难都可解释……只要相信整个大自然的系统是建在遗传变异的基础上。那么，自然学家在两种或多种生物之间，发现真正表明相互关系的特征，是从同一祖先遗传下来，所以正确的分类也就是家族血统的沿革了。自然学家无意中发现的星体之间隐藏的关系是从遗传来的，并不是什么不可知的创造计划，也非宣告什么普通的议案，也不是随便照生物的异同排列组合而已。
达尔文在结束他那一章论文之前说，即使缺乏任何其它的论点支持－－（分类学上的论据如此坚决），单凭这一点他也会相信他的学说。达尔文对这学说信心之大，难怪当他面临化石提出的极大难题时，也不会灰心。他的逻辑推论使他相信，遗传变异绝对是“分类学上困难”的唯一解释，无论其在证据上有多少漏洞也不必理会了。同样的逻辑鼓舞着现今的达尔文主义者，当批判者告诉他们学说中有哪些问题值得疑问时，他们也同样可以不屑一顾。他们说：“无论你对细节有任何批评，生物学若无进化论的光照，一切都毫无意义了。”
毫无疑问，达尔文的学说有一定的说服力，但我们怎样可以知道这学说是真确的呢？如果我们简单定义“进化论是分类学的基本成因”；那么，进化是事实，正如分类为事实一样。这样的说法又成了一种重复的赘述，没有任何解释事物的价值。从这个角度看来，这学说主要的支柱只是修辞学上意会的一个词：“关系”而已。达尔文主义者假设蝙蝠与鲸鱼之间的关系，有如人类大家族之中堂表兄弟的关系。或许真有其事，但这项提案本身并无明证。
生物从变异而来，其实应该比重复的赘述、或文字的巧辩更实在，可以作为一个假设，接受科学的考验。如果共同祖先和连串的中间型在历史上一度存在，只要研究化石就可以，至少在某些品种中，找到明证。如果一个祖先可以藉着自然方法变成鲨鱼、青蛙、蛇，企鹅和猴子，实验科学应该可以找出改变的机制何在。
如果实验科学不能建立机制，而化石中又找不到共同祖先和中间连接环，那么达尔文主义当然要失去实验学说的地位，但达尔文主义者尽力拦阻人考虑这种可能性，他们求救于达尔文独有的进化“学说”与“进化为事实”两者的分别作雄辩。他们说，基于化石不足，又缺乏机制的反对理由，所以应该偏向达尔文的学说。进化本身（生物之间关系的合理解释）仍然是事实，意味着从生物之间的关系推理出不可逃避的结论就是事实。古尔德一篇很有影响力的文章，“进化乃事实或理论”中引用万有引力来解释事实与理论之别：
事实乃世上的资料。理论是意念的结构，用来解释事实。无论科学家怎样根据不同学说争辩应当如何作正确解释时，事实仍不改变。爱因斯坦的万有引力论代替了牛顿的学说。争辩期间，苹果并未因此悬在半空，期待结论。同样，人类从似猿的祖先进化而来也是事实。无论是照达尔文提议的机制，或其它尚未明确的途径，人类的进化仍是事实。
这样的比对简直是伪造。我们直接观察苹果落地，但我们看不到人类与猿类有同一位祖先。可以观察的事实是人与猿在身体和生化方面彼比相似的程度，要比与兔子、蛇或树木为高。似猿的共同祖先只是一个学说中的假设，希望用来解释动物之间有不同相似的程度而已。这项学说，特别是对站在唯物立场的人来说，或有可能接受。但事实上很可能有错谬。自然生物之间的关系可能需要更神秘的解释。
因为古尔德在事实与学说之间的界线划分错误，使他的对比毫无意义。他承认的学说，只是自然选择这学说，但“事实”却是进化可能由偶然机制造成，并不需要选择的影响。古尔德解释其中分别：
虽然没有生物学家怀疑自然选择的重要性，但是现在却有很多人质疑它的遍在性（ubiquity）。特别当很多进化论者指出，有相当数量的遗传变化并不受自然选择的影响；相反地，可以随着机遇，分布到整个群体中。
但另一方面，正如古尔德承认，达尔文本人始终坚持，自然选择只不过是很多机制之一，并且他常因为被误指以自然选择为唯一机制而诉苦。这样看来，古尔德所描绘的“事实”，也不过是达尔文“学说”的正确解释而已。也就是说，进化论认为生物是由同－祖先遗传变异而来，以偶然突变作为动力，加上自然选择提供引导方向，就可以产生适应环境所需要的复杂器官如眼睛和翅膀。
【注一：读者不要被少数大胆的古生物学家如古尔德和斯坦利的猜测所误。他们以大突变的遐想代替达尔文的渐进论，事实上，除达尔文之外，没有任何真正可以取代的学说在望。自从赫胥黎（Thomas
H.
Huxley）的时代至今，不少古生物学家承认，化石的记录与正宗的达尔文学说不符。为了减轻所遇到的困难，他们曾用较易接受的方法提倡一种大突变式的学说代替达尔文主义。
化石的难题，其实还不是最主要的关键。无论进化是事实或学说，若不能解释生物复杂结构的来源，都没有什么价值。至今尚未有任何自然的学说可以代替微进化及自然选择，所以连古尔德讨论化石以外的问题，还要依赖正统的达尔文进化论来解释复杂器官如眼及翅膀的进化。】