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由此可见，自然选择的创造力必须极力维护，因为进化这“事实”必须包括创造生物界的奇迹。将进化学说改装为事实，唯一的目的是要保护进化论不被揭破推翻。
苹果向下跌而非向上，不需任何人去证明，但古尔德却提出三项证据，证明“进化之事实”。首先是微进化：
第一，我们有很多直接从实验室和野外进行的观察，得到的结果证明进化仍不断在进行中。这些证据包括无数的实验显示果蝇在人工选择压力下产生各种不同的改变；还有英国著名的飞蛾，当工业黑烟使它们栖息的树干变黑时，也跟着变色。（蛾与背景颜色配合可以逃避捕食它们鸟儿锐利的眼光。）创造论者并不否认这些观察。他们怎能否认呢？创造论者现在已经检点行为：他们现在辩称神只创造了“基本的种类”（basic
kinds)，并且容许在一定范围之内作有限的进化。所以小狮子狗和大丹狗都是从狗类来的，而且蛾可以变色，但大自然不能将狗变成猫，或将猴子变成人。
古尔德说得对：所有人，包括创造论者，都同意有微进化，连科学创造论者也同意，不是因为他们“检点了行为”，而是因为他们的教义本来一直就相信神创造了“基本种”或“模式”，然后让这些种分化。创造论者最著名的微进化的例子，就是亚当和夏娃的后代。他们从同一对祖先分化成为现今人类的各种各族。
其实，争论的真正要点不在有无微进化这回事，而在微进化能否对创造鸟类、昆虫、和树木的过程有重要的说明。连古尔德自己也说过，即使要走上大突变的第一步（物种形成）也必须累积远超过微小突变更复杂的改变。但是他不但没有解释飞蛾的变化对真正的进化有什么意义，反而改变了目标，向创造论者发动攻势。
【注二：以打击创造论者来代替证据，现已成为达尔文主义者常用的辩论武器，例如伊萨克·阿西莫夫（Isaac Asimov）884页的《科学新向导》（New
Guide to
Science）中有半页述说达尔文主义的证据。他引用飞蛾为例，认为已经足够证明整个学说。但在此段之前有三页的篇幅用来打击创造论者。如此缺乏专业人士当有的道德标准实在惊人。但该书的其余部份却属相当可敬的科学著作。】
其他达尔文主义者不但故意忽略整个问题，而且转向劣等的哲学来逃避现实。例如马克·里德利（Mark
Ridley）力称，“要证实进化论只需要观察微进化，再加上均变论（uniformitarianism）的哲学原则（适合本题的形式）即可。均变论是一切科学的基础。”
但，这又算是什么证明呢？如果我们的哲学逻辑只要求小变加起来就能成大变，那何必要求科学的证明呢。科学家向来假设自然定律在任何时地始终如一，否则他们不可能研究悠久历史上或宇宙其他角落的事件。但另一方面，他们也不会坚持一个层面的基本原则，一定适用于另一层面。例如牛顿的物理学、相对论，及量子力学的分别，显示硬性的假设并不合理。达尔文主义者需要提供的，不是一套随人意而定的哲学思想，而是科学的理论，解释广进化到底怎样来的。
大多数的情况之下，造成混淆的原因，是因为一个很简单的词——“进化”——竟被用来描写完全不同的过程。在同一个种群之中，黑蛾、白蛾相对的比数改变可以叫做进化；真正创造性的过程，如制造活细胞、多细胞生物、眼睛和人类的智慧也叫进化。从词句上分析，进化论基本上应该是一个过程。达尔文主义者一般都不愿意将“微”进化与“广”进化划分清楚－－寓意所有创造生命的过程只有一个，不过可以分开大小两部而已。将来我们找到新物种到底怎样从已有的旧种而来，我们就可以了解，这进化到底是怎么一回事。这种想法固然有可能正确，但更可能完全错谬。达尔文主义者使用模糊的说法，故意用一个“进化”的单词，使我们忽略其中极大的困难。
古尔德的第二项证据却是证明进化论最重要的论据。他从生物界有不完善的现象出发：
第二项证据——自然界不完全的地方显明进化－－很多人认为这种想法无稽。在他们的想象中，进化的结果应该显示生物适应达到几乎完全的地步。就如海鸥翅膀的弧度，和一些酷似枯叶的蝴蝶，可能是聪明的创造者的作为，但也可以是从自然选择而来。不过，至善至美将过去发展的历史遮盖，而过去的历史－－生物来由的证据－－却是进化的痕迹。
进化造成不完全的地方，正是历史来由的记录。为什么老鼠跑动、蝙蝠飞翔、海豚游泳，而我打这篇文章所运用的肢体，都用同样的骨骼造成？因为我们都是从同一个远祖遗传来的。一位工程师如果要从头开始，另外分别设计的话，一定可以造出不同功能、更为理想的器官。为什么澳大利亚所有较大的哺乳动物都属袋鼠类的？除非它们都是这大岛上同一祖先遗传下来的。袋鼠并非最理想、最适合澳洲的环境；现在已有不少被外地引进的胎盘类的大动物（如野狗）取代而灭绝了。
古尔德在此只重复了达尔文为现存各种不同的自然种类所作的解释－－但这些种的来由就是我们要找证据、希望证实的学说，如果将这故事加上神学的色彩，那等于说，高明的创造者必须为不同的动物设计不同的肢体，才能达到最高的效率。他的猜想并不能代替科学的证据来说明这些动物都是由同一祖先遗传下来的，更不能证明那自然发生的过程，到底怎样可以从古代的同一祖先变化到今天不同种类的后裔。（既无明证），使我们回想达尔文伟大的成就，却在排除科学领域中那“不可知的创造计划”。