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菲秋马也借重“神不会这样做”的辩证法。他引用脊椎动物胚胎的例子：
为什么不同生物适应不同环境、过着不完全相同的生活，但在胚胎初期却十分相似呢？神为人及鲨鱼所定的计划中为什么要它们渡过几乎相同的胚胎期？如果陆生的蝾螈（salamander)是从水生的蝾螈来，为什么它要在卵中度过整个发育期，而且要长出完全不用的鳃和鳍，而在孵化出来之前又完全消失呢？
以上的问题只为加强印象而提出，菲秋马没有真正要求回答。但我认为这些问题指出很多应该开始研究的方向。菲秋马提及的现象既然存在，很可能是因为创造者要利用它们来达到神秘不可测的目的，或者也可能反映出共同祖先传留下来的结果，但也可能有一些还没有想到的因素，将来科学研究可以解开这个谜。科学的任务不是问：为什么神要如此行？而是要看看利用实验科学的方法是否可以找到物质的因由。如果进化生物学要提升到一门科学的地位，而不再停留在一支哲学，那么这些理论学家必须愿意追研科学的问题：到底达尔文的假说——生物由同一祖先变异而来，怎样才可以真正被证实或证伪呢？
现今达尔文主义者依赖的证据，达尔文时代早已为伟大的科学家、瑞士出生的哈佛大学教授阿加西斯所熟悉。阿加西斯抵抗达尔文主义并非因为他不明白那些使其他人着迷的证据。他在《物种起源》出版不久就写下这样的结论：
显然在这地球上曾经有过一连串生物接替（succession）的现象。这过程包括生物逐渐改变，才接近现代动物。其中特别是脊椎动物，有些越来越似人类。但这种关系并非不同时代的动物直系相传而来。其中完全没有亲子的关系串联。古生代（Paleozoic
Age）的鱼类绝非中生代(Secondary
Age)爬虫的祖先。人类也不是第三代（TertiaryAge)哺乳动物的后代。这些动物之间的关系有非物质性、更高的关联，这种关联需要从创造者的观点来了解……他的目的……是要将人类带到地球上来。
阿加西斯的神学见解并不比古尔德的观点对我们实验科学的问题更切题，但我们可以放下神学的讨论，单独研究他纯科学的结论。阿加西斯在实验科学上的结论指出，无论什么力量使脊椎动物好象有逐步进展的现象，但化石记录所显示的并非同一祖先遗传改变可以解释。
最后我们要提及古尔德的第三项证据，就是以前讨论过的化石证据，古尔德承认，在化石记录中极少逐步转变的例证，其中一个是“类似哺乳动物的爬虫”（mammal-like
reptile）。正如其名，似乎是爬虫到人类之间转变的中间型。另外一个是“类人类”（hominids)或者叫“猿人”（ape-men)。这些例证已被科学界主流接受为现代人类真正的祖先。下一章要讨论的正是这些化石的证据。
第六章 脊椎动物的进化序列第六章 脊椎动物的进化序列
达尔文主义者认为，两栖类和现代鱼类源出于一种上古的鱼；爬虫出自两栖动物的祖先；飞鸟和哺乳动物分别从爬虫祖先进化而来。最后，他们指出，人与猩猩都是源出于一个相同的猿类祖宗，而且这些猿人的过渡化石已被发掘出来。根据古尔德所言，从爬虫到哺乳动物，和从猿至人之间的过渡化石，已确实证明了进化的事实。
在未分析这些证据之前，我需要加上一些条件，这些条件一定使达尔文主义者很不好受，就是这些证据不能根据"假定学说真实"的大前提来衡量，应从一个独立的立场来考究。
第四章中，我们已指出古生物学奉达尔文主义为金科玉律，不再怀疑它的真实性，只求在这理论的"骨骼"上加上"肌肉"而已。古生物学家的成就，乃是在于进化祖先的鉴定，因此他们已经建立鉴定进化祖先的标准。美国自然历史博物馆古生物学家加勒特·纳尔逊，直截了当地形容他们的治学态度：
我们必定有一些祖先，我们要找出来。为什么呢？因为我们知道，早晚一定会找出来的。这就是古生物学的作风，我并非夸大其词。
当然，这些"祖先"不能用来证实这套理论，因为学者乃是根据"一定有祖先"的理论，来鉴定祖先。
让我们来看看脊椎动物的进化次序。
鱼纲至两栖类
我们要考证的理论，就是鱼纲进化到一个地步，使它爬出水面，登上陆地，而且同时发展两栖纲的生殖功能和其他特征，达尔文主义者并没有指出一种特别的鱼纲为两栖纲的祖先，但是他们都以一类绝种的扇鳍目（rhipidistians）为祖先类属，这些化石有与早期两栖动物相似的骨骼，如一些可能进化为腿的小骨，但是，据《脊椎动物历史》（Vertebrate
History）的作者巴尔巴拉·施塔尔说："在已知的一切鱼纲中，我们找不到最早的陆地脊椎动物的祖先，因为这些鱼纲都是在最早的两栖纲出现之后才生存的，在这些鱼纲之先的化石都没有发展早期四足动物特有的强壮四肢和肋骨的证据。"
1938年，印度的渔夫捕获一种腔棘鱼（colelacanth），鉴定为7000万年前绝种的样本。很多古生物学家都认为这种鱼与上述的扇鳍目有密切关系，因此这活生生的样本应在研究早期两栖动物的进化上占重要的地位。但是根据腔棘鱼的解剖研究，它的内脏并无任何适应陆地生活的征状，在鱼至两栖动物的进化中并无贡献，这发现使人怀疑此前的扇鳍目也是同样缺乏说服力。