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当我们客观地衡量化石证据的时候，发现有使进化论学者失望的地方。但是达尔文主义者在古生物学上的研究，已不再是客观的衡量；他们迫切地寻求支持进化论的证据，而忽视证据背后的难题。这种态度，可从最新发现的一种像鲸鱼的化石百西路龙的经过可见一斑。
百西路龙（Basilosaurus）是一种在早期鲸鱼时代生存的巨型海怪。它原来被鉴定为爬虫（它的名字原意是巨型蜥蜴），但很快被重新认定为像鲸鱼一样的哺乳动物，最近在埃及出土的百西路龙化石有像退化器官一样的后肢。究竟这些后肢有何功用仍是一个谜，这种后肢很短小，实在不能助长游泳功能，也不能支持这巨型动物在陆上行走，发现这化石的古生物学家猜想，这种后肢可能是用来帮助交配的。
科学报刊上的报告认定百西路龙证明鲸鱼曾经用后肢行走，因此它们应从陆地上的哺乳动物进化而来，但没有任何特殊化的内脏，帮助它们在深水中潜游，在水中彼此传递信息，和防止初生鲸鱼吸吮母乳时吸进海水的器官。这些内脏的按部就班的进化，正如在第三章提及的翅膀和眼睛的进化一样，成为进化论的挑战。就算上述所提及的退化后肢也是一个难题。究竟达尔文主义者如何解释后肢从有用的地位退化而缩小到绝无仅有的大小？这变化究竟是在从啮齿类进化成为海怪的过程中哪一个阶段发生的？鲸鱼的前鳍是不是从该啮齿类的前肢进化而来？这些不能解答的问题对达尔文主义者都是不重要的，因他们都略而不提。
达尔文自己也承认化石证据对他不利，这立场至今仍未改变。所以达尔文主义者很自然地将注意力转移到新发现的分子生物证据，声称这才是达尔文主义的确证，让我们在下一章中探讨这个说法。
第七章 分子生物学的证据第七章 分子生物学的证据
在我们还没有尝试从分子生物学找证据之前，需要检讨一下我们已经知道什么，而需要知道的又是什么？
我们在第五章中已讨论过，若要将生物分门别类，我们需要寻找生物之间的相同构造，代表它们彼此的关系。在达尔文主义盛行前后，分类学家都同意这些关系不是虚构的，而是生物在自然界实实在在的特征。相信本体论的学者反对进化论，认为这些自然界的模型，可能是神的心中蓝图。达尔文主义者摒弃这种模式，接受共同上古祖先进化而来的过程。
化石中生命的历史是达尔文主义一个重要的试验，因为在自然界中一直找不到中间的生物，在现在的生物中，尤其是目、纲和门之上的类别，都是中断的；每种生物只属一个目、纲和门，并没有衔接的中间物。就算奇怪的肺鱼和鸭嘴兽也不例外：前者是鱼，后者是哺乳动物，在达尔文时代以前的分类学家，会以这些证据来反对生物进化论。
原则上达尔文主义者并不否认生物类别的中断性，但他们将这现象解释为中间生物在进化过程大量地被淘汰，因而绝种。有些进化论学者如理查·道金斯更对这些中断现象引以为荣，好像是达尔文主义的新发现一样：
当我们研究种以上的现代生物时（或在进化历史中某一阶段的生物），我们找不到某些粗陋的中间物。如果有动物像是一个中间物，进化论学者确信它们必属于两者中的一种，如哺乳纲与鸟纲的中间物应是哺乳动物或鸟。我们需要明白，所有哺乳动物如人类、鲸鱼、鸭嘴兽和其他品种，都与鱼类有同样的亲戚关系，因为所有的哺乳动物都是从鱼类经过同样一个共同祖先进化而来。
道金斯还说，谢天谢地，幸亏化石证据是不完全的。一个完全的化石证据也许会使分类学变为主观的东西，因为所有的生物都彼此衔接。其他一些达尔文主义者也有相同的见解，但是我们这些喜欢求证的人要问：究竟这论调能否被客观的实验和观察衡量？在第四章和第六章我们已指出达尔文主义者的难题，就是如何将他们所认为的生物进化的连续性，与化石中"遗失之环"的证据相协调，更要解释化石中一种普遍的现象--化石的稳定（即长久没有重要的改变）。今日，正如达尔文在1859年出版的《物种起源》时一样，化石的证据仍需要进化论者的含糊态度来解释。
达尔文主义不仅认为祖先慢慢进化成后裔，而且也解释这些进化过程如何产生新的生物和复杂的生物构造。这套自然选择机制被称为达尔文主义最重要的理论，我们在第二和第三章已经分析过，自然选择的创造力并无充足的实验证据，但达尔文主义者却认为这是放诸四海而皆准的金科玉律。他们虽然口头上否认这立场，但他们一直都引用它支持生物种类的进化和稳定：若有新种产生，这要归功于自然选择的创造力，若古生物没有进化，也要归于选择作用的稳定力！若有些种类群体绝种，其他种类却能遗传下来，这要归功于生存的种类抗衡生物绝种势力的本能。
虽然达尔文主义者一直认为自然选择并非唯一的进化机制，但他们却含糊第对待其他机制的重要性。譬如他们并不否认生物"巨变"的可能性，但除了少数例外，却强调巨变不能产生新种或复杂的构造。对于"有系统的巨变"理论（即生物体内各构造能有系统地在一世代中全部改变成为新的个体），他们强调只能是遗传学上的"神迹"。有些"中性"的进化，或"基因漂移"现象，实在是极有可能发生的，但达尔文主义者认为这些因"中性突变"而来的异态，根据某些逻辑上的必需，一定要经过自然选择来淘汰选择。