第31页
上述立场是根据达尔文主义的立论顺序引申而来，要是自然选择是创造者，无论如何微小的突变都会影响生物的繁殖功能。譬如上文所引述道金斯所论及翅膀的进化，他认为最初差不多不能察觉的小突变一定使生物得到战胜环境的优势：可能是使生物在掉落时不会折断它的颈项。要是突变对生物的生存或繁殖没有多大影响，自然选择作用只能在翅膀已进化到一个相当地步，才可影响生物的运作。这种理论称为"具体选择论"，乃是强调自然选择作用因影响小突变在生物生存和繁殖上的趋势，引致复杂生物构造的进化。
自然选择直接影响环境中显示的生物"表型"【注一：表型（phenotype）是指生物的外貌，更确切地说，是指生物的遗传因子型与环境的相互作用所产生的特性，因子型是生物体内蕴藏的基因，决定生物的繁殖和生长方向。】。但是逻辑上的引申，需要同时影响生物的基因。知名的权威恩斯特·迈尔在1963年正当分子进化论萌芽之际曾作如下声明："在漫长的时间中任何基因的突变，不会不具有帮助生物生存或使之淘汰的特性。"
上述检讨的目的，是指出在分子生物证据中，需要找到样本和新发现，才可证实达尔文主义的准确性；我们需要证实这些进化祖先和中间生物在过去的生物历史中生存，同时也要证明自然选择加上无目的的基因突变创造出的生物种。仅仅找到生物之间的关系是不够的，最要紧的是这些关系经过一种长期的自然作用，进化成为不同的种类，产生许多种类之间的生物，不需要依靠造物主超自然的力量。要是达尔文主义不采用这定义，我们根本没有任何科学上的根据，用以解释生物如何发展成为今日复杂多样的面貌。我们不能贸然把无知当成知识，只因它叫做进化论。
根据这些大前提的阐释，让我们看看实验的证据，是否证实自然选择的创造能力、进化祖先和中间生物的存在。
基于生物化学的发展，我们不仅能比较生物外貌的特征，也能分析它们体内的分子构造。在细胞中的巨分子包括蛋白质，是生化作用的媒介；核酸，主导蛋白质的合成。这两种巨分子的成分和构造的研究进步迅速，我们根据这些分析可以比较并衡量不同生物的蛋白质和核酸构造的异同。
每一个蛋白质巨分子是一长列的氨基酸，好像一句话中字词的排列一样。20个较简单的有机物氨基酸，能以不同的排列彼此结合成为蛋白质，一种如血红蛋白一样的蛋白质按照生物种类的差异有不同的构造，这些相异之处可按照氨基酸排列的比较来测量彼此之间的差别。譬如有100个氨基酸的蛋白质中有80个相同和20个相异的排列，生物化学家就认为这两种蛋白质的分歧率为20%。
生物化学家采用类似的技术来衡量脱氧核糖核酸和核糖核酸的碱基排列，因此他们可用这些巨分子的异同来鉴定生物之间的分歧率。究竟这种鉴定标准是否正确，还是人言人殊的问题。不同巨分子的比较带来不同的分歧率，往往巨分子的比较与其他生态（如化石）的比较不相协调，而且分子的异同与其他构造的异同不一定有连带关系，譬如所有的蛙类外形相仿，但他们的巨分子相异的程度，可与包括鲸鱼、蝙蝠、袋鼠等各异态的哺乳动物的差异相仿。
学者不仅不因这些难题而气馁，而且还声称分子分类学比其他生态分类学更客观。这些分子分类学的研究也带来不少哲学上的推论，其中关于"人类的进化"这一敏感问题最值得注意，因为根据分子分类学，人类和黑猩猩的关系比黑猩猩与其他灵长类动物的关系更密切。然而，人类虽在基因排列的顺序上与黑猩猩相仿，二者基因系统所包含的信息却有显著而重要的差异，但是某些达尔文主义者的著述中，这种矛盾之处却被忽略，在梅兰特·埃迪和唐纳德·约翰逊的《基因蓝图：解开进化之谜》（Blueprints：Solving
the Mystery of
Evolution）一书中，他们轻描淡写地说："虽然人类与黑猩猩和大猩猩外貌上完全不一样，但这些相异都是表面的，在那些重要的地方--它们的基因--三类动物有99%相同。"而"那些重要的地方"只是他们哲学推论的产品。
因为达尔文主义者的基本假设是生物之间的关系代表同源进化的关系，他们认为分子结构的相似乃是证明"进化的事实"。他们也认为各分类学家所推论而得的结果，是达尔文主义所预料的，在这些错误的大前提下，这些人与猿之间有99%的分子结构相同，成为证明其理论的关键。
这是一种根本误解，达尔文并没有发明或改变分类学，他的贡献是以唯物主义的机制来解释生物多样性的来源。他认为，分类学者所认定的类族之间的差异是客观存在的，而非如图书馆用作分类书目的主观性系统。达尔文理论面世之前，分类学者已注意到人与猿猴外貌上有很多相似之处，因此相信创造论的林耐这位分类学的鼻祖肯定地将人类与猿猴放在灵长类之中，这些基因上的相同其实是证实了林耐的学说，而不是达尔文的学说。它告诉我们，猿猴与人类在某些地方有显著的相同处，好像他们在其他方面有显著的相异处，但是基因结构并没有解释这些相同或相异从何而来。
分子生物的证据说明一件事实：大自然中的生物类别是彼此隔离的，其间并无仍然存在的过渡生物。在多种生物体内的蛋白质，细胞色素C是一个备受注意的研究对象。有一个参考图案列出细菌的细胞色素C与其他包括哺乳动物的复杂生物，如飞鸟、爬虫、两栖类、鱼类、昆虫，及果类植物的细胞色素C的氨基酸排列的比较：细菌与兔、龟、企鹅、鲤鱼、螺旋虫比较有64%左右的差异，与向日葵比较大概有69%的差异，但是单与动物包括昆虫和人比较，却只有64%-66%的差异。