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这篇社论揣测说，博物馆的陈列是一班与该馆科学家不太亲切的工作人员所设计，因为多数知名的生物学家"宁愿失去右臂也不愿以'若进化论是真的'作为一句话的开始"。这揣测激起了22位知名生物学家的愤怒，惊奇《自然》周刊会"主张将学说当作事实介绍"。这些生物学家说："对进化论我们没有绝对的证明"，虽然有"许多间接证据，且无更佳的选择"。或许太天真了，他们结论说："若有一个更好的理论出现，明天便可放弃进化论。"
信函与社论的交互反应继续了数月之久。《自然》周刊的编辑迟迟才发觉，达尔文主义在科学家中较他们所想象的更难一致，于是在一篇关于正当怀疑之范围的主要文章中，采取了较温和的路线。这篇以煽动性的《进化论的真实性有多少？》为题的文章，因作出让步而令大众惶惑，且较博物馆的陈列更使达尔文主义者吃惊。那些编辑先阐明卡尔·波普尔曾说达尔文主义是形而上学，而且不能证伪，又不明智地承认这评论在"技术上的正确性"，再勉强地解释说，"进化论并非毫无经验证据支持"及"形而上学的学说也不一定是拙劣的理论"。
该编辑的文章进而承认，"大部分的人对达尔文主义持有怀疑"。因此鼓励博物馆向怀疑者挑战，阐明争论之处。他们将怀疑者分为两类："有些人怀疑达尔文主义出乎令人敬重的立场，另一些人认为生物发生的过程实由超自然的作用而来。后者的理论甚至不是形而上学，简直就是不科学的"。这篇文章最后说，为了不致令科学家气馁，"怀疑主义运动"（即认为科学理论没有绝对的真实性）不要"太深化"。虽然《自然》周刊主张消除一切成见，但坚持"有一成见是可容许的且是必要的，就是一种先入为主的信念；即一切可观察的现象都可以用理论来解说"。
《自然》周刊的评论不仅暗示达尔文主义属于形而上学的系统，由信仰支持，还因鼓励博物馆引起大众怀疑达尔文主义的证据不足的问题，而招致责难。这样无法下台时，该周刊在数星期之后发表另一篇文章企图平息风波。它肯定说，虽然"没有生物学者会否认上帝造人的可能性，若有人这样相信，那么他也会认为达尔文所观察的机制也是上帝所选择的创造方法"。【注三：也许这作者心中的机制是自然选择。但是写《人的起源》的达尔文，因对自然选择很失望，半道歉地说，在《物种起源》中它已被视为过分重要，很大程度上依赖于有性选择来解释人类特征的来源（另一些含糊的机制在今日的新达尔文派中不受支持）。】博物馆的责任不是为迎合怀疑者，而是为进化论辩护：
面对宗教与神秘派有组织的压力，进化论者也需要表达自己见解的组织。这些见解应该赢得热烈拥护，具有相当的说服力，但不应该降格为政治宣传的片面说辞与故作高深。对愿意听的人有适当的信息，而不需要与辨别过细的科学哲理家长久争辩。
相信分支学说者在这场辩论中也有所得。特别尖锐的是斯·纳尔逊的信：
在这行业中较有宣教士心志者的惊讶下，分支学说者不将化石作为特别启示，而将化石当作好似与其他生物标本一样，试图作适当的解释，有关细节更是如此。这样的作风对外人而言虽然合理，但化石学家们不情愿地碰到分支学说时，对他们感情的打击（我见过次数多得不计其数了），好似一个持原教旨主义信仰的牧师遇见一个不速之客，说圣经不过是许多好书之一而已。我只要说现在有一种建立在巩固基石上的教会就足够了。
无论如何，将《物种起源》当作许多好书中的一本，已经足够将参观博物馆的群众引入歧途了。一位为达尔文主义何无神论辩护又以思想清晰而著名的哲学家安东尼·弗卢后来解释说，这场插曲都肇因于"公仆"（指博物馆的科学家）的背信。因为他们有责任介绍已成立的真理，而不该传播非正统的意见使大众惶惑。他公开指责这些傲慢自负者，"滥用公共机构的资源，去向参观这些公共陈列的外行人，推销自己宠爱的理论（分支学说），好似它已被有资格判断的专家们所公认。而这些外行人大多数是无邪的青年"。
弗卢报告说，"这些讨厌的材料已逐渐被收回"。正如这段话暗示，博物馆已经在压力下投降了。博物馆的发言人致函《自然》周刊解释说，馆员避免以教条式介绍达尔文主义的企图不幸"给人的印象与目的相违"，录象片中说适者生存是一句空话的一段，已马上剪去，并将继续肃清其余的陈列。
当我1987年去该博物馆参观时，陈列已不再令观众感觉达尔文的理论尚有争论之余地了。例如在达尔文陈列厅入口处，那块写有"一个可能的解释"等词句的罪大恶极的广告牌，已被以下这段使人恢复信心的告示所取代：
当我们将自己与化石中的亲属相比较时，便会发觉人已经进化的证据。
达尔文的工作有力地支持一种观点，就是一切生物，都经极长久的时间逐渐演变而来。
这便是我们说的进化。
许多人认为进化的理论与他们的宗教信仰并不冲突。
起初陈列"模棱两可的话"给人对达尔文主义有足够怀疑的印象，但没有清楚说出那可以怀疑的是什么。后来博物馆发言人在接受访问时解释说，那怀疑并不指化石中缺乏中间型生物，或在寒武纪初期复杂的生物突然出现，或解释遗传密码来源的困难，或育种实验中变化之限度，或"有希望之怪物"的争论，或间断平衡之争论，或剧变灭种之重要性。当初的陈列在有见识的批评家眼光中，已分明是一种掩饰，而非明白说出达尔文主义的难处。虽然如此，博物馆的发言人说，现在与20年前的进化陈列时已大不同了，当时的馆长（加万·德·比尔爵士）"写过一本小册子，提到今日进化已被接受为事实，自然选择就是进化的机制，别无其他。就他来说，重要的观念已经成立，没有再需要思考的余地了"。