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如果达尔文主义享有"先验的(a-priori)真理"的地位，那么化石证据的难题只不过是进化的过程没有记录而已。但是如果从另一方面来看，达尔文主义只不过是一项科学的假说，用化石就能加以证实或证伪，那么间断平衡所引起的争论，真正重要的意义不在乎古尔德、埃尔德里奇和斯坦利所提出的解答，而在于他们引起争论的原因。我认为没有必要怀疑间断平衡可以作为解释进化论的一个模式。有些情况之下，如夏威夷的果蝇繁衍出不同的种，就显示出一个生物种迁移到新环境之后很快就能多样化，所以重点不是物种分布的边缘地区是否很快能产生新种，最重要的是察看这种机制能否解释超过种以上的进化。相对来说，种的变化还是非常狭窄的范围，而且这种过程是否真如达尔文主义者所说，并不产生身体特征上主要的改变？
试想斯坦利所提出的，以鲸鱼和蝙蝠为例的难题，就是同一纲(class)中的动物的改变。没有人主张一个原始的啮齿动物可以在一次改变之后就变成鲸鱼或蝙蝠。有没有"调节基因"的突变帮助也不是主要问题。重要的是进化过程中必须留下许多个中间型的生物。其中也有一些必定有相当的数目，并且在地上生存一段较长的时间。但为什么这一切"必定有的情况"，居然完全没有在古化石中留下记录呢？当然有一些中间型可能不太适应环境而活不长久，特别是要将脚改变成鳍或翅膀的中间型难以生存。无论如何，提出这些问题对达尔文主义者的故事毫无助益。
当然总有一些进化的过程没有在化石中留下丝毫可考的痕迹。但无论如何，我们不能完全靠聪明的借口来填满一切空缺。在各大类的生物如门、纲、目之间的空缺不但普遍存在，而且它们之间的鸿沟简直太多了。请问，除了不可见的边缘分隔的解释之外，还有任何其他的想法吗？
在化石记录问题中，使达尔文主义者最头疼的是寒武纪大爆炸(Cambrian-explosion)。大约6亿年前，几乎所有动物的"门"(Phylum)同时在地层中出现，完全没有达尔文主义者所必需的祖先痕迹。正如道金斯所说，"这些动物化石就好像有人故意放进去一样，完全没有进化的历史可以追寻"。达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认"这现象目前仍未能解释，而且的确是可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点"。达尔文又说，"如果我的学说是确凿的，寒武纪之前的世界一定充满各种的活物。"
近年，在地球最古老的岩层中找到了不同的细菌及蓝绿菌的化石，而且一般都认为这些单细胞的生命可能在40亿年前就出现了。细菌及蓝绿菌是属于"原核细胞"(prokaryotes)，它们没有细胞核，也没有其他的细胞器。比较复杂的"真核细胞"(eukaryote-cells)较后才出现。接着有数十组独立的多细胞动物相继出现，但它们彼此之间没有任何可见的进化过程。达尔文学说要求在单细胞与昆虫、海虫及蛤蚌等各类之间有悠久的时间和多种的中间型。可惜这一切必须的证据都找不到，连借口也难寻。
【注三：
这个问题因一种叫"艾迪爱卡动物"（Ediacarans）在进化史上的地位不明而受混淆。这些动物体质柔软，属于浅海的无脊椎类。它们的化石在寒武纪大爆炸之前的岩层中出现。部分的古生物学家认为其中有几种可能是寒武纪动物的前身。最近有一位名叫赛拉赫的古生物学家，他的研究结果认为，"艾迪爱卡动物群（Ediacarans
fauna）中并没有现代生物的祖先，并且所有艾迪爱卡动物的基本构造与现存生物的结构有很大差异。"这种见解古尔德也同意。这样看来，艾迪爱卡动物化石的存在就可以粉碎达尔文主义者认为寒武纪之间软体的动物祖先不能成为化石、故无踪影的解释。事实上，很多古代软体动物都留下不少化石，伯基斯页岩就是其中最著名的例子。】
寒武纪大爆炸的问题渐渐为现代读者熟悉，最大的功劳要归于古尔德的那本描述伯基斯页岩中寒武纪化石重新分类的佳作《奇妙的生命》(Wonderful
Life)。古尔德认为，首先发现伯基斯页岩化石、并首先作分类工作的查理·沃尔科特，故意将这些新化石"塞进"以往分类学上固有的框框中。他这样做的动机出于他对于前寒武纪化石的解释偏向"假象学说"(artifact
theory)。古尔德说：
100多年来，关于寒武纪缺乏始祖的原因，有两种对立的解释。一方面是假象学说(认为前寒武纪已有生物始祖，但它们并没有遗下化石)；另一方面是"迅速转变学说"(fast
transition
theory)(认为前寒武纪根本没有始祖物，至少没有可以辨为复杂无脊椎动物的始祖。那么，进化过程必须在短期之内产生现代所有各类型动物身体的结构。这样惊人的快速跃进，威胁着我们一般认为进化改变应遵循庄严稳重步伐前进的思想)。
最近研究显示，伯基斯页岩化石中有15-20种与已经成立的种类全无关联。那么，每一种应该归入不同的新动物"门"。另外有同样数量的种或可归入现存的动物门中，但这些化石的体型结构仍然与众不同。所以，现有一般动物的始源概观，首先是各类体型动物突然同时出现，后来又有大量的灭绝。此后，地上再也没有出现新的动物门。现今生存的动物在最早期(前寒武纪)的化石中并未存在。而既有的动物由始至今仍属同样分类的系统。这样看来，或者可以说动物有一些进化，但一切的改变都限于已有的类型之内。而所有各类型是怎样来的？全无记录。所以古尔德宣称，重新将伯基斯页岩的化石分类，等于为"假象学说"敲了丧钟，因为：