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虽然有些细节还待研究澄清，但已经有足够的证据告诉我们，生物界的客观现象是可以用纯粹自然主义来解释的，甚至我们能恰当地用一个被滥用过的名词--唯物主义来解释。这些现象很容易从生物群类中有别的繁殖增长看出来（这点是现代观念中自然选择原则最重要的因素）。另外，这些现象的产生也是由于遗传过程中偶然机遇的相互作用……人类是一个毫无目的的自然过程的产品，这过程从来就没有把人类的出现当作一个最后的目标[着重号为引者所加]。
科学界在这种论调上有深谋远虑的计划，故意使这观念有点混淆不清，所以我一定要强调，辛普森的观点并非是他专门研究的科学以外的个人观点。相反的，他只是清楚地阐明达尔文主义对"进化论"的定义而已。同样的论调在无数书报文章中表达出来，就算不是很直接明显的表达，其含义也是无处不被透露的。我们千万不要误解：在达尔文主义的观点，也就是主流科学界的官方观点中，上帝在进化中是毫无作用的。
【注一：辛普森的《进化论的意义》一书的第二章澄清了自然主义与无神论的关系。科学的自然主义并不一定反对"上帝的存在"，只要把上帝定义为一位高不可达的"初因"（First
Cause），却不可把上帝当作一位在自然界及人类历史中运行的造物主。辛普森说："在生命来源，人类出现，或任何宇宙的悠长历史中，我们不必，也不应该主张有一种非物质的事物介入影响作用。然而，宇宙的来源及其历史的促成因素原理，我们无从了解，科学也无能为助。这就是神学及哲学所寻找的隐藏的'初因'。在我看来'初因'使人类永远无法知道的。如果我们觉得有心愿，尽管可以用我们的方式膜拜它，但我们却对它毫不理解。"】
"有神进化论"或"神导进化论"被达尔文主义者完全排斥，因为他们把科学与一套称为"自然主义"的哲学观点连在一起。【注二：在文章书报上有不同的名词用来代表我称之为"科学自然主义"的哲学观点。在本书中，下面的各词却是同义的：科学自然主义、进化自然主义、科学唯物主义、科学主义。所有这些名词都表明，科学研究是唯一可以到达知识的途径，或至少是最靠得住的途径。只有自然现象或物质现象才是真实的；科学不能研究的东西，就等于没有真实性可言。】自然主义认为，自然界是一个完全由物质因果关系支配的封闭系统，不受任何"外来"非物质因素的干涉。虽然自然主义并不明目张胆地否认神的存在，但却否认一位超自然的主宰会影响任何自然事件（例如进化过程），也否认它可以与我们这些自然界生物有任何的沟通来往。科学自然主义有同样的看法，它的大前提可以简述如下：仅仅研究自然现象的科学方法，是唯一可靠的知识来源，换句话说，一位没有什么作用的上帝，就是我们无法可靠地认识的上帝，实在毫不重要。
自然主义不是达尔文主义者可有可无的东西，因为他们整个科学系统就是以它为基础。我们已经看到，要说达尔文主义的进化能创作崭新的生物种类，或曾经创作新的种类，基本上毫无证据可言。达尔文主义者认为变异及选择的功能可以产生翅膀、眼睛或头脑，不是因为有任何可以观察到的证据，而是因为引导他们的哲学不允许有任何其他的能力来成就这一切。因此，达尔文主义最基本的出发点是：宇宙中没有造物主。
奥弗顿法官对科学定义的头两点阐明科学委身于自然主义，其他三点则表达科学效忠于经验主义。一个优秀的经验主义者坚持他的结论必须建造在观察与实验的基础上，如果没有这类证据作为支持，即使最珍爱的理论，也必须抛弃。有时自然主义与经验主义被误认为是同一样东西，其实是大不相同的。在达尔文主义领域中，科学的这两项基本原则是冲突的，互不相容的。
冲突的起因，是达尔文主义的进化所带来的"创造"，与上帝的超自然创造一样，是无从观察的。当然，自然选择的功用的确存在，但没有人能拿出任何证据来证明可以成就达尔文主义者标榜它能成就的千变万化的功能。不管"进化"到底如何发生过，整套化石记录作证，它绝不是达尔文主义者所想象的渐进式的使生物种类繁殖产生的过程。在某个族类中细微的修饰变更上，达尔文主义还算符合经验主义的理论。至于解释复杂的生物如何从最原始的东西演变而来，达尔文主义只不过是空谈而已。
如果经验主义有无上的价值，达尔文主义很久以前就该专心限于"微进化"的研究，但这种研究却丝毫不会产生任何在神学或哲学上重要的影响。当然，这种自限，不表示就等于接受创造论（就算是最宽泛的创造论）。而这种自限却暗示，科学界在1859年以后产生了过分冲动的热忱，以为已经解决整个自然界的奥秘，没有想到只是略知皮毛而已。如果达尔文主义者接受经验主义的重要性，他们仍然可以寄望以后有一天能用自然主义解释一切，然而如今他们却非承认自己错误不可。
这种勇于认错的态度迟迟仍未出现，因为经验主义到底不是他们最看重的价值。他们不顾一切地要保持自然主义的宇宙观，同时还要保持被标榜为唯一知识来源的"科学"至上的名声。没有达尔文主义，自然主义的科学无法描述自然界万物的产生。操纵及垄断自然主义科学界的达尔文信徒认为在这事上不能让步，否则他们藐视的"假先知"或"江湖郎中"就会趁科学大门大开之际蜂拥而进。