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为了防止这大难临头，维护自然主义的人必须排除一切与自己哲学不同的学说，来执行所谓科学研究规条。在此之后，下一步最关键的行动乃是把"科学"提高到与真理同等的地位，而宣告"非科学"等于幻想。然后，他们就可大耍手段，使那些本来就被他们预先排除的学说理论，让人们误认为已被科学驳斥了。既然自然主义的科学家设立了规条，他们可以不用理会那些要求达尔文主义拿出证据来的评论家，因为后者被认为根本"不懂科学的运作"。
在此我并不是暗示自然主义的科学家这样做是故意欺骗。反之，普遍来说。由于他们长久浸淫于自然主义的假定前提中而对他们理论中专断的成分毫不自觉。举例来说，让我们仔细考察以下这段话，引自海因茨·帕格尔斯所写的《理性之梦》--一本讨论科学推理的书：
[科学实验]方法的能力非常强大，科学家对自然界几乎所有的知识都来自该方法。他们发现，整个宇宙的构造，的确是建筑在我称之为"宇宙密码"（cosmic
code）的看不见的普遍性的规律上的，是按一位神明（Demiurge）的蓝图而造成。【注三：该书作者所指的神明，是早期基督教中伪智派（Gnosticism）异端及希腊哲学中的观念。伪智派认为物质是罪恶的，因此上帝不会去创造物质。物质的创造来自一个位低一等的神明，称为Demiurge。伪智派有时甚至认为旧约中的上帝就是这位神明。】这些规律的例子包括量子学说及相对论、化学分子结构及化合的原则。当科学家发现这些密码时，他们其实就是翻译该神明的隐藏信息，以及他创造宇宙的秘诀。没有任何人间智慧能把信息整理得如此有条不紊，有如此奇异的想象力，有时甚至简直就是诡异！这一切必定来自一位自然界以外的智慧者！
……到底上帝就是这信息，或者他写下了信息，或者这信息自己书写，对我们的生命都毫不重要。我们可以安心地抛弃传统的神明观念，因为没有科学证据说明自然世界有一位造物主，没有任何科学证据指出在自然法则背后有一种旨意或一个目的。甚至连地球上的生物现象，虽然好像强烈地显示是有一位造物主所设计的，但这些都能够用进化论来解释。（帕格尔斯在此叫读者考察古尔德和道金斯的书来寻找证据。）总之，我们有了"信息"，却没有发信者。
上面引述的头一段告诉我们，宇宙一切看来好像按计划设计而来，明显到连像帕格尔斯这样的无神论者都注意到，甚至对之礼赞，将造物主称为某种"神明"。然后在第二段却不经意地说，并没有任何科学证据指出造物主的存在。这两段引述的文字是很好的例子，让我们了解自然主义科学家的心态，因为帕格尔斯提出了最具关键性的要点：本来好像是创造主存在的证据，却是一文不值。因为他认为在自然律以外的事物，就算有证据，却是被当作彼此矛盾的。但是反过来说，所谓"进化"的证据（就算仅包括微进化及自然生物的分类学关系），却把"设计"的可能性排除了。自然主义的哲学把帕格尔斯的心思完全控制到这个地步，甚至当他面对及描述智慧设计的证据时，竟然视若无睹。
一般来说，"造物主的旨意"时完全处于自然科学的范畴之外的。更清楚地说，科学并不能告诉我们，在自然定律之外有没有一种超越的旨意或目的。然而，对一个科学自然主义者而言，"超出科学之外"等于是在实在之外。
因此，自然主义的科学家一面可说他们并无意牵涉上帝或宗教的讨论，但一面却毫不犹豫地宣告宇宙是毫无目的的，他们觉得这说法并没有违背良知。别人认为不了解某些奥秘的原因，是科学受限制的缘故，但这却被自然主义者扭曲为现实的限制，他们觉得若在科学领域之外另有实在，是不可思议的。
这种思想的来由，出自科学家惯于用"范式"（paradigm）来指引他们的研究方针。根据研究科学哲学的学者托马斯·库恩的著名模式，科学的进步与古尔德和埃尔德里奇的"间断平衡"进化论相似，库恩的"常规科学"（normal
science）经过了一段稳定时期，就被"范式转换"所中断，换言之，一种思考问题的方法取代了另一种。正如其他哲学理论，我认为库恩的模式要小心地应用才行。但不管这模式在描述科学原则时有什么不周到之处，它很清楚地让我们看到达尔文主义的方法论。
库恩最重要的观念就是"范式"，它不仅仅是一种理论或假设，而是一种兼受文化偏见及科学观察所影响的意识形态。根据库恩的看法，"任何时期科学界共同持守的信念，总免不了包涵被个人经验和历史事件所左右的专断的成分在内。"科学家也与常人一样，他们关于现实的观念，受到产生科学"模式"的假设和思想的影响。
当"范式"为多数科学家接受之后，便成为科学研究的全盘操作的方法。这就是说，它决定了要问什么问题和收集什么资料。当"范式"还没有被批判被挑战时，"常规科学"就可以致力于作出理论的和实践的结论，甚至也要解决一些与本身"范式"并不相符的困惑问题。科学于是在这期间大为进步，因为科学家都同意要做的是什么，及应如何进行去作这些研究，他们不会因一些对基本假定的悬疑而受干扰。根据库恩的看法：